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针对北京市防治非典工作的实际，北京防治非典型肺炎联合工作小组第九次会议决定，清理规范设立的发热门诊，加强医疗救治工作的标准化，科学配备医疗力量，超前研究防治工作中可能遇到的各种问题。
开展非典防治工作以来，北京市在所有二级以上医院设立了123家发热门诊，虽然方便了发热病人的就诊，但也存在着条件不具备、管理不规范等问题。不少发热门诊出现了交叉感染，成为感染源。为了方便一般疾病患者就医，又使与非典有关的发烧病人得到及时救治，北京市本着“布局合理，条件合格”的原则，对发热门诊进行全面整顿规范，制定了《关于进一步加强发热门诊管理的规定》，明确工作标准，要求发热门诊做到“三避免”、“三合格”，即避免普通发热病人与非典病人交叉感染、避免留观人员的相互感染、避免非典病人对医护人员的感染；硬件(隔离条件)合格、软件(医护人员)合格、工作流程合格。会议要求对不符合条件的发热门诊停诊整顿，并从人口、区域、就诊半径、就医流量等因素综合考虑调整医院布局，保留63家医院的发热门诊。
会议要求，设有发热门诊的医院要设立分诊台，把一般病人和与非典有关的发热病人分开。不设发热门诊的医院要设立醒目标志，引导病人到设有发热门诊的医院就诊，进一步有效切断传染源。开设发热门诊的医院要加强对发热患者的科学排查，确保对病情诊断的准确性。
提高收治率和治愈率，降低病死率和医务人员感染率，是影响全局的关键问题。会议要求一切措施都要落实到“两提高两降低”上来。
会议决定建立北京地区医院院长联席会议制度，加强信息沟通和相互协调，保障非典医疗救治工作顺利进行。
中共中央政治局委员、北京市委书记、北京防治非典型肺炎联合工作小组组长刘淇强调，要把困难估计得更多些，切实做到有备无患，把工作做到前头。从现在起就要对出院病人安置、学生返校及外来务工人员返京等将要面对的问题进行研究，同时要着手研究公共卫生防御体系建设，为长远做准备。
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