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一场突如其来的灾难，使内蒙古自治区1400万正在致富奔小康的各族农牧民的健康和安全受到极大威胁。
4月下旬，非典疫情波及土默特左旗、临河市、磴口县等7个旗县。农村牧区医疗设施基础薄弱，医务人员技术力量严重不足，疫情监测体系很不健全，农牧民普遍缺乏必要的卫生防疫知识。尤其像呼和浩特市、巴彦淖尔盟等疫情较为严重的地区农村人口密度较大，城乡结合部人口流动频繁，防控被动，一时间，全区很快出现医院继发性感染和疫情散发性蔓延现象，全区报告的非典和疑似非典病例中农民达到46例。
自治区党委和政府迅速对全区农村牧区防治非典型肺炎的工作作了周密部署，把预防和控制传染源、严防和阻断新的病例传入作为农牧区非典防治工作的重点，组织和动员全区人民沉着应战。对呼和浩特市城郊结合部、磴口县的四五个发现疫情的村庄，立即实施了封闭隔离措施。
全区农牧区紧急动员起来，一场阻击非典向农牧区蔓延的人民战争打响了。
一个个村庄，铸起钢铁长城，一个个战场，布下天罗地网。各盟市都构建了盟、旗、苏木、嘎查、组五级防控体系，所有交通要道和乡村出入口都有各村组织的护村队伍24小时把守，使防控工作横向到边、纵向到底、群防群控；各盟市紧急启用计划生育工作网络，将多年来形成的人口管理的成功经验推广应用到防治非典工作中；对外来人口实行全面排查登记和健康检查，并做好医疗预防的应急准备，重点确定发热门诊和定点医院，配备医护人员若干人实行梯队轮换制，封闭式管理；对农村牧区已有的非典患者、疑似人员等传染源，各地分兵把守，一个也不放过，在最快的时间内切断了传染源向农村牧区的扩散和蔓延。
为控制疫情扩散，疫情较为严重的磴口县抽调600多名干部和部分公安干警对巴彦高勒镇和渡口乡的两个重点传染源进行严密隔离。隔离区内派驻了医疗队，由监控人员统一给被隔离者送饭送水、购买生活用品、逐户测量体温，诊治疾病，从而有效地切断了传染源。
各盟市农村还采取了“联户联防”措施，即各行政村全部实行化整为零，分片联防，互相监督，责任到户到人的监控办法。各村以8至10户为一个单位组成联防联保小组，由村民选出1至2名小组负责人，上对村委会、下对农户负责，实行联户监督、外堵内查。至此，全自治区没有发生农牧区疫情大面积、群体性蔓延现象。
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