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据台湾媒体报道，台军共有16支特种部队，其中绝大都数都未曾解密，亦包含了许多非作战单位。这群由军事专业人员组成的队伍，由于任务特殊，训练状况也相对艰辛。台军除3支“甲种特勤队”外，也包含海陆空军的“乙种特战单位”。而警方也有相关的特勤队。
所谓的甲种或乙种特勤队并不是比较哪个单位战力较强或是装备较好，差别只在于任务性质，基本上，甲种特勤队都是由“国防部”作战参谋次长室直接指导，须经过“国防部”的命令才可出动。此外，不同的等级，也有不同的薪资差别。
宪兵特勤队：俗称“夜鹰特勤队”，这个机密单位是负责台湾北部反恐怖任务，保护高级官员及“外交”使节、维护机场与核电厂安全以及处理重大突发事件。早年并代训警方特勤队。1978年成立至今仍未公开。
陆军海龙蛙兵：编制番号为陆军第101两栖侦查营。这个两栖单位是负责金门、马祖、东引及澎湖地区的反恐怖任务，同时也执行海上巡逻、查缉走私、偷渡、离岛运补与陆军特战任务。此外，该单位也要保护离岛地区高级官员之安全。海龙蛙兵于1973年成立，成立初期曾执行过几次机密任务。
海军陆战队两栖侦搜大队：海军陆战队两栖登陆前的先遣部队，执行陆战队特战任务，并负责海岸巡逻任务。两栖侦搜大队是台军少数几支具有实战经验的部队，尤其是在1960年代国共争夺海峡离小岛时，这个部队多次与大陆部队交手，互有胜负。
海军水中爆破大队：海军三栖特战部队，负责支持陆战队两栖登陆，执行渗透特战任务与处理水中械弹。
陆军空特部特勤队：俗称“凉山特勤队”之陆军甲种特勤队，至设专责台湾中部反恐怖任务，同时也需执行陆军特战任务及处理重大突发事件。1980年成立至今仍未公开，1999年10月裁撤。
海军陆战队特勤队：俗称“黑衣部队”，负责台湾南部地区反恐怖任务，以及台湾海域反劫船任务，另外也要奉命执行陆战队特战任务及处理重大突发事件。1980年成立，1995年华兴演习首度公开亮相，1999年10月，“黑衣部队”与陆军“凉山特勤队”同遭裁撤。
台军其它特种部队尚有政战特遣队、空军侦照部队、空特部高空排、宪兵机车连、“国防部”天威部队与陆军联兵旅突击连等。
此外担任岛内反恐任务的支持兵力，还有警察特勤队，包括维安特勤队、保安大队与各县市中俗称霹雳小组的特勤中队。
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