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现年67岁的藤森1990年6月当选秘鲁总统，1995年和2000年连续两次蝉联。2000年9月，前总统顾问、国家情报局主管蒙特西诺斯收买反对党议员的丑闻败露，引发全国政治危机。
两个月后，藤森利用出席国际会议之机转道日本寻求政治庇护，随后遭秘鲁国会罢免。2001年9月13日秘鲁最高法院下令在全球通缉前总统藤森。秘鲁政府曾多次要求日本政府将藤森引渡回国受审，但日方以藤森拥有日本国籍而拒绝引渡。
自2000年11月逃离秘鲁到日本避难以来，藤森一直过着流亡的生活，但他正准备返回秘鲁参加2006年的总统大选。11月6日下午，“避居”日本5年之久正面临违反人权和贪污腐败指控并受到秘鲁全球通缉的藤森出人意料地乘坐一架私人飞机由日本东京途经墨西哥抵达智利。藤森在到达圣地亚哥后发表的讲话中说，他此行只是在智利作“短暂停留”，目的是“重返秘鲁”，履行他参加2006年总统大选的承诺。得知藤森到达智利后，秘鲁总统托莱多立即召开紧急会议，研究相关对策，随后向智利方面提出逮捕藤森并将其引渡回国的要求。7日凌晨，智利警方根据最高法院法官奥兰多·阿尔瓦雷斯颁布的逮捕令在藤森下榻的宾馆将其逮捕。
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