根据南水北调东线治污规划，江都市做了大量工作，包括铺设污水收集主干管道、封闭输水通道岸边的垃圾填埋场并易地新建，关闭污染企业等。但是，目前，在夹江、芒稻河长约20公里的输水通道沿线，仍分布着40余家环保不达标的企业。

　　江都市环保局局长徐春元对本刊记者说，围绕单个污染点源进行治理，依靠关闭污染企业的“减法”式治污方式，“解决不了根本问题，而且可能引发社会矛盾。

　　另一方面，仅就南四湖而言，虽然近年来取得较大成绩，并受到淮委极大认可，但是，由于污染底子太重，治污形势依然严峻。淮委规划保护处处长贾利告诉本刊记者，如果要把南水北调东线大运河淮河流域段分成若干段的话，骆马湖以南，三类水达标率比较高，水质比较好；骆马湖到中运河，要差一点；南四湖、梁济运河一带则更差。

　　水污染的主要矛盾也开始变化。张波以山东为例指出，2000年的时候，水污染的主要矛盾是氨氮污染。其时氨氮动辄上百毫克，一些河流鱼虾绝迹，甚至草都不长。当前，工业污染和城市生活污染控制得比较好，但是，农业造成的总氮总磷的污染仍比较严重，并由原来的次要矛盾上升为主要矛盾。污染的主体，也由原来的工业污染和城市生活污染为主转变为农业面源污染和渔业养殖污染为主。

　　“就像刘翔很难提高0.1秒一样，把COD从200(毫克/升)降到100不难，从100降到60就很难了，而从60降到20就难极了。”针对农业面源污染，枣庄市环保局局长李建勋感觉很无奈。“我们的执法力量到不了农村。另外，针对农业使用的农药、化肥，我们让农民按比例、按时段、按标准使用，但他们做不到。举个例子，前些年，我们一个区供销社一年能卖四百吨农药，这些农药哪去了？有一部分就可能进入了河流。”

　　同样没能引起关注的还有畜禽养殖造成的污染。