产业投资体制不健全，资金投入不足。国家现在还没有支持战略性新兴产业发展的完整、具体的投融资政策。目前中国技术研究与开发经费占GDP比重不足1%，与发达国家平均2.2%的水平相差很远，甚至达不到发展中国家的平均水平。特别是对有技术、有活力、有创业激情的小企业的支持，力度小、渠道少，资金问题仍是这些企业发展初期的最大瓶颈，创业创新投资环境亟需改善。

　　企业缺乏有效的产业组织形式。很多企业规模偏小，研发能力不足，力量分散。企业经常单打独斗，恶性竞争的局面时有发生。

　　吴晓青认为，大力推动战略性新兴产业发展，必须处理好政府、市场和企业三者的关系。

　　他建议，要合理布局，实事求是地发展战略性新兴产业。切实考虑东中西部各地区的产业基础、现有条件、市场前景等差异，引导地方在“全国一盘棋”的前提下发展符合自身经济规律的行业，避免一哄而起、急于求成，重走部分制造业低水平重复建设的老路。近年来，国家相继批复了多个区域规划，战略性新兴产业发展可以充分配合国家区域建设，联动发展。

　　着力培育和创造国内市场需求。切实转变单纯以投资拉动的发展方式，以市场为导向，在市场准入、财政补贴、政府采购、示范应用等方面加大对战略性新兴产业市场的扶持、引导和培育，更多地在国内共享新兴产业发展成果。

　　引导企业成为研发投入的主体、技术创新的主体和创新成果应用的主体，保护企业自主创新的原动力。把技术要素参与分配作为高新技术企业产权制度改革的重要内容。支持军工技术向民用领域转移。支持企业承担国家研究开发任务，国家重点实验室、工程技术研究中心向企业扩大开放。

　　吴晓青还建议，要加大创新人才的培养和引进力度，完善产、学、研、用密切合作的渠道和机制，尽快实现由“中国制造”向“中国创造”的转变。创新企业组织模式和管理模式，形成产业联盟、技术联盟。消除行业垄断和体制壁垒，鼓励民间资本进入新兴产业参与竞争，增强市场活力，完善市场机制。在行业和技术标准的制定上，改变过去主要依靠科研院所的做法，鼓励行业协会和企业参与进来并加以规范。