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虽然面临重重困难，但云南省“九五”期间财政收入总量仍比“八五”增加1005亿元，收入增量增加305亿元。
云南省财政财源单一，烟草提供的财政收入占全省财政收入的70％以上。由于国家对两烟实行“双控”，烟草税收在全省财政收入中的比重下降到60％左右，对财政收入带来巨大影响。另外，投资调节税的清欠基本结束，以及机场公路等重点工程免征耕地占用税、房产税减征、企业所得税国产设备投资抵免等改革措施，都使财政减收因素增多。
面对困难，云南省各级财税部门努力培植财源，加强征管，节约支出，使全省财政收入在面临诸多不利因素的情况下仍保持了较快增长。针对县级财政赤字面扩大的问题，云南省出台了“消灭赤字、平衡预算”的措施，到1999年，全省财政赤字县比“八五”末减少89个，累计减少赤字10亿元。各级财政部门围绕“收支两条线”的要求，实现了预算外资金从专储到专户管理，实行预算外资金统筹。积极开展了清理行政事业单位银行账户，加大了预算外资金统筹力度，盘活了存量资金。建立了政府采购制度，完成了中介机构脱钩改制，稳步推进会计委派制。
通过全省财税部门的努力，云南全省财政收入从1995年的285亿多元，增加到2000年的430亿多元。云南省利用新增加的财力，积极贯彻执行中央确定的积极财政政策，加快基础设施建设；支持国企改革，确保了国企三年脱困目标的实现；同时加大了财政对农业、科技、教育的投入，支持完善社会保障制度，保证了云南社会经济发展的需要。
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