1991年11月5日,自民党总裁海部俊树因失去了其党内最大派系的支持,被迫辞去自民党总裁和日本首相之职,由宫泽喜一继任自民党总裁和日本首相。后因自民党内丑闻迭起,支持率剧跌,自民党在1993年7月众议院第40届全国大选中失败。同月22日,宫泽宣布辞职。自民党结束了38年一党执政的历史。
1993年8月6日,以日本新党党首细川护熙为首相的8党派联合政权成立,自民党沦为在野党。1994年4月8日,细川因涉嫌金钱丑闻等辞职。
1994年4月28日,8党派联合政权中的新生党党首羽田孜继任首相。由于新生党等排挤社会党,导致社会党脱离联合阵营,羽田内阁遂成为少数派政权。同年6月25日,羽田宣布辞职。
1994年6月30日,自民党、社会党和新党联合组阁,社会党委员长村山富市受三党推举当选为首相,自民党重返执政地位。村山于1996年1月5日宣布辞职。
1996年1月11日,社会党、自民党和新党联合推举的候选人、自民党总裁桥本龙太郎当选为首相。同年11月7日,自民党总裁桥本龙太郎再次当选为日本首相。1998年7月12日,自民党在参院选举中严重受挫,致使桥本龙太郎于13日辞去了自民党总裁和政府首相之职。
1998年7月30日,在日本众参两院全体会议上,自民党新总裁小渊惠三当选为日本首相。2000年4月2日,小渊惠三突然病倒住院,小渊内阁在4日宣布集体总辞职。4月5日,自民党新总裁森喜朗被推举为日本新一任首相。6月2日,执政不满两个月的森喜朗宣布解散众议院,提前举行第42届全国大选。同年7月4日,森喜朗在日本国会众参两院全体会议上以多数票当选为首相。由于森喜朗在历史认识问题上接连“失言”、自民党政治腐败丑闻等问题不断,在执政三党和在野党的压力下,今年4月18日森喜朗正式宣布辞职。
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