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非典型肺炎疫情发生以来，各级财政切实做好财政保障工作，从资金、政策和措施等方面全力支持和保障抗击“非典”的需求。中央财政20亿元非典型肺炎防治基金按照急事急办、特事特办的原则，以最快速度拨付，目前已支出9亿元。
中央财政20亿元“非典”防治基金中，支持地方用于“非典”患者和相关医疗设备、仪器购置3.9亿元，支持卫生部科研攻关、疫情监测等工作2000万元，建立突发性公共卫生事件应急反应机制3.1亿元，安排医药专项储备资金6000万元，安排在京中央医疗机构6500万元，用于参加“非典”防治工作一线医务和防疫人员临时补助、急需防护设施和医疗设备购置以及为农民和城镇困难“非典”患者免费医疗救治垫付的费用。为支持北京小汤山医院医治非典型肺炎病人，安排购买医疗设备、仪器经费4000万元。
为援助香港防治“非典”物资购置，中央财政预拨了1亿元专项资金。
地方各级财政也加大了“非典”防治经费投入。截至5月6日，地方各级财政已安排“非典”防治经费超过50亿元。
为了保障农民和城镇困难群众中“非典”患者及时就医，4月29日，财政部与卫生部下发了《关于农民和城镇困难群众非典型肺炎患者救治有关问题的紧急通知》，明确规定对这部分人员中的“非典”患者实行免费医疗救治，所发生的救治费用由政府负担。4月30日，卫生部、财政部、劳动保障部、民政部联合下发了《关于非典型肺炎患者和疑似病人缴纳救治费用有关问题的紧急通知》，要求医疗机构救治“非典”患者简化手续，并规定检查费用和救治过程中发生的各项费用，采取记账方式，事后按有关规定渠道解决。
为了保证医疗机构和人员更好地开展“非典”防治工作，财政部与有关部门下发通知，要求各省、区、市对“非典”防治一线工作人员给予特殊补助，并制定了中央级医疗机构(包括军队、武警)及医务人员的具体补助政策。
经国务院批准，制定出台了有关税收优惠政策。一是对境外捐赠的防治“非典”防护用品、诊断设备、治疗和监护设备以及救护车、防疫车和消毒车免征进口关税和进口环节增值税；二是对参加“非典”防治工作一线的医务和防疫工作者特殊临时性工作补助等所得免征个人所得税；三是国内企业、个人等社会力量向“非典”防治工作的捐赠，允许在缴纳所得税前扣除；四是对北京经营蔬菜的个体工商户在“非典”疫情期间免征增值税、城市维护建设税、教育费附加和个人所得税。
4月30日，财政部下发了《关于中央部门调整2003年部门预算保障“非典”防治经费的紧急通知》，要求中央各部门根据党中央、国务院关于防治“非典”工作的要求，压缩会议费、差旅费、培训费和出国费等一般性公用经费支出，以保证“非典”防治工作需要。同时，为便于中央财政及时了解各地“非典”防治经费安排情况，督促各地财政部门落实资金，建立了资金调度机制和“非典”防治经费投入情况统计制度。
财政部下一阶段还将与有关部门合作，针对农民和城镇困难群众“非典”患者免费救治及其他“非典”患者医疗救助中可能出现的新问题，进一步研究采取具体措施，确保免费救治和医疗救助工作落到实处。同时确保防治“非典”资金需要，全面深入地研究此次疫情对我国财政经济运行状况的影响，进一步研究制定相关的财税政策。
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