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2000年9月4日雅加达一处证券交易所发生爆炸，导致10人当场死亡，46人受伤。
2000年12月24日至少9枚炸弹在印尼国内多处基督教堂发生爆炸，致使19名正在欢度平安夜的印尼人死亡，数十人受伤。
2001年7月22日雅加达市内多处基督教堂发生连环爆炸，导致64人受伤。
2001年8月1日一枚炸弹在雅加达市中心繁忙的商业区发生爆炸，导致5人受伤。
2002年6月6日印尼中苏拉威西省一辆公共汽车发生恐怖爆炸，导致4人死亡，17人受伤。
2002年7月27日印尼东部马鲁古省省会安汶发生爆炸事件，造成54人受伤。
2002年9月5日安汶一处体育馆发生恐怖爆炸，造成4人死亡，十多人受伤。死者中包括3名十多岁的女运动员。
2002年10月12日印尼著名旅游胜地巴厘岛发生连锁爆炸事件，导致202名游客死亡，其中大多数为外国游客。警方事后将恐怖事件制造者锁定为一个名为“伊斯兰祈祷团”的组织。
2002年12月5日印尼东部城市望加锡的麦当劳快餐店发生恐怖爆炸事件，造成3人死亡，11人受伤。警方事后逮捕了20多名嫌疑人，认为他们与巴厘岛爆炸案有牵连。
2003年4月27日雅加达国际机场发生爆炸事件，11人受伤。
2003年8月5日雅加达万豪大酒店发生恐怖爆炸事件，导致13人死亡，150人受伤。
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