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发射神六的仍将是长二F火箭。
从“神舟”五号太空飞行的23小时，到“神舟”六号的至少5天，并不仅仅是时间上的简单延长，无论对飞船制造和控制技术，还是对在太空中工作和生活的航天员来说，都意味着更大的挑战，更高的要求。从世界其他航天大国的经历来看，航天员长期太空飞行中，需要关注和解决的问题很多，下面3个问题必须引起重视。
难题一：缺水
解决方案航天员汗水也得回收
载人航天活动中，由于远离水源，水更显得弥足珍贵。如果是短期的载人航天飞行任务，保证饮用水、部分卫生用水、温控用水的储存和供给以及冷凝水的收集和储存就够了。但如果是长期载人航天飞行任务，用水量就会大大增加，每人每天约需水量30公斤，仅靠储存用水和收集的冷凝水，显然是远远不够的。
为解决长期载人航天活动中大量的用水问题，只能考虑水的再循环，即废水的再利用。航天活动中乘员呼出的潮气、汗水，尿液、粪便中的含水，乘员洗脸、洗澡、洗衣及个人卫生废水，食品配制与用餐中生成的废水以及生物实验、植物栽培等产生的废水，都可以进入水的再循环系统，经过专业的处理之后，再作为饮用水、生活用水、工作用水等投入使用。
废水回收中，水的净化和储存过程必须保持无菌，航天器上一般采用氯和碘来进行灭菌，早期的“阿波罗”号飞船指令舱和登月舱飞行中都使用过，共同的缺点是有明显的味道。
难题二：疾病
解决方案航天医师地面监控指导
太空环境极其恶劣，各种环境因素都可能对长期在太空工作和生活的航天员健康带来危害。因此，航天专家们要对航天员进行医学监督与医学保障。
医学监督主要用来监护航天员在航天全过程中的健康状况，监督涉及航天员健康和安全设备的运行情况等。飞行中的医学监督主要靠遥测、航天员的自测与互测和通讯系统传送医学信息和数据。航天医师通过地面站的医监台，监视从太空发回的各种数据，并通过电视与航天员直接对话，对其身体状况作出综合性的判断和预测，同时航天员还得定期向地面汇报身体状况。
医学保障主要是针对可能出现的对航天员身体健康有害的不良因素，采取各种预防和治疗措施。航天员在太空停留越长，发病率也越高，必须定时监测，对可能发生的疾病提出防治方案，合理安排饮食起居和工作。航天员还得坚持体育锻炼，来预防和治疗航天疾病。
难题三：交流
解决方案人际关系得当处理
如果载人航天器搭载的是两个或多个航天员，对航天员来说，他们还面临着另一种无形的考验———人际关系。
乘员组人员与地面人员人际关系的处理是一个重要因素。在狭小的环境里，跟地面的联系是乘员们唯一与外界的交流，处理不当，很容易引起他们情绪沮丧、低落，甚至产生敌意。如果系统允许地面指控人员随时介入乘员组的生活空间，就会引起乘员组人员对管理者产生不满和敌视态度。
此外，航天员还要和地面上的家人、朋友进行情感沟通和交流。目前，即使是航天专家对这种沟通的利弊也有着不同的看法。有人认为，这种沟通是必要的，通过与家人和朋友交谈，可以减少航天员对家庭的思念和人际关系需要上对其他成员的依赖；而另外一些学者则认为，这种沟通对航天活动是有害的，一些性急的航天员可能一直惦记与家人的关系而忽视自己的职责，或者由于对听到的信息不太满意，从而影响到正常的工作。因此必须处理好与航天员相关的人际关系，保障航天工作正常进行。
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