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歌颂天皇统治的《君之代》在19世纪80年代的明治时代成为日本国歌，那时也正是日本对亚洲国家进行侵略扩张的开始。
第二次世界大战期间，日本入侵了包括中国在内的亚洲许多国家，“日之丸”和《君之代》所到之处，无数民众被无辜地杀害。“日之丸”和《君之代》也成了军国主义的象征。
1945年8月，日本宣布无条件投降，盟军曾一度禁止其悬挂“日之丸”。《君之代》虽然未被禁止，但是当时日本文部省还是“自觉地”在教科书中删除了有关齐唱《君之代》的规定。然而，随着战后日本的重建，日本文部省1958年制定的《学习指导要领》中又表示“希望”中小学校在举行各种仪式时悬挂“日之丸”，齐唱《君之代》。
在日本文部省1989年制定的《新学习指导要领》中，对此作了进一步规定：中小学校举行毕业仪式和入学仪式时，必须悬挂“日之丸”和齐唱《君之代》。
1999年，日本广岛县立世罗高中校长石川敏浩在家自尽，石川自杀的原因就是由于广岛县教育委员会要求县内所有学校在毕业典礼上必须挂起“日之丸”并齐唱《君之代》，世罗中学教职工对此表示强烈反对，石川苦于没有对策，既不能向上司交代，也无法安抚属下教职员工，结果只得自寻短见。
1999年6月，日本政府向国会提交了将“日之丸”和《君之代》分别定为国旗和国歌的议案。同年8月，日本国会通过了这项议案。
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