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杨石先是我国著名教育家、化学家。曾用名杨绍曾，远祖为蒙族人，蒙姓浣颜石花，1897年1月8日生于杭州一个没落封建官僚家庭，祖籍安徽怀宁。
杨石先从小聪明、文静，被认为有念书的天资。所以祖父给他这个家孙取名绍曾，意思是继承曾祖父的事业。其曾祖在清朝做过四川学台、国子监学官、翰林院学士。
杨石先五岁进家塾，先是识字，背《千字文》，继而背《四书》，背不熟，就要遭到训斥、罚跪。家塾教育在杨石先幼小心灵中，留下了暗影。
杨石先祖母能文善诗，性情温和，而又处事干练。她每大教儿媳和小孩子们念书习字、背诵诗词。由于祖母态度和蔼、亲切，不施加压力，杨石先学起来觉得很有趣，比在家塾里的教益大。
杨石先从小喜爱花草。童年时，每逢清明时节他都跟随母亲到龙井为外祖父母扫墓。往返途中，他总要多少次地跳下轿来，采集路边的花草。回到家以后，他的第一件事，就是忙着把轿里的花草拿出来，让大人帮他栽到院子里。杭州有个风俗，每当旧历年节，家家户户都用兰花供祖。所以年节临近，家里总要买不少的鲜花，什么水仙、梅花、兰花，一盆盆、一簇簇。他最喜欢兰花。祭祖之后，他舍不得扔掉，总是要大人帮他栽种起来，而且每天都忘不了看看它们，给它们浇浇水。家里人都说他是个“养花迷”。
杨石先喜欢花草，而他弟弟调皮，爱玩棍棒。有意思的是，在他们那么小的时候，父亲根据他们不同性情、爱好，不以为然地为他们预言未来了。父亲说：“将来让绍曾学农，弟弟好动，长大学工”。想不到，这话真的为他们后来终身从事的事业确立了目标。
他六岁时，离开杭州，到了济南。十一岁时，他又随家迁津，考人了天津民立第二小学高小二年级。在这里，他第一次接触化学。每次化学课老师都为同学们做演示实验，从玻璃仪器的安装，到氢气、氯气、硫酸之类的制备等等，一年里做了四五十个。到高小三年级，他又观看了几十个声、电、光、磁方面的物理实验。这些实验为他揭示了一个崭新而又神秘的世界。他多么渴望能够洞悉其中的奥秘啊！
1910年，杨石先的蒙学时期结束了。他先报考了天津南开学校，而后又去报考了刚刚成立的清华留美预备学校。这个学校是美国利用“庚款”的一部分兴建的。它既不收学费，又免缴膳宿费，而且将来还可以出国深造，吸引了众多的有志青年。清华学堂的招生除按各省摊缴“庚款”的多少选送学生外，另在北京直接招考三百名。考试那天，贡院学部考棚拥塞着数千人。人学的竞争是非常激烈的。杨石先对他的考绩既不沮丧也不乐观。回津后，他接到了南开学校的录取通知。数月后，清华学堂也录取了他。这使他喜出望外。
一辆驴车把他从一条土石官道送进了清华园。这是一处清朝皇室的赐园。园内林木荫翳，建筑古朴，听不到喧闹的市声，恐怕当时没有一个学校具备比清华更适宜的学习环境了。除去1911年因辛亥革命爆发，学校遣散学生，宣布停课半年外，他总共在这里度过了难以忘怀的八个年头，接受了完整的中学教育及初级的高等教育。
清华学堂设中等、高等两科，各修业四年，课程都是为学生将来留学美国而特设的。方法是提倡自学自习，借以使学生熟悉美国的教育习尚。对中等科学习的课程，杨石先都有较好的基础，但课程都用英语讲授，这对他却是完全陌生的。为了学好英语，他和几个要好的同学订了个“君子协定”，约定日常会话完全用英语，违者罚一铜板。每到星期日，他们常常带着罚得的十几个铜板，跑到校外去买炒花生米，一饱口福。经过一年多的努力，他差不多克服了外语上的障碍。随着英文水平的不断提高，他常常几天读完一本书。八年里，学校图书馆不少英文文艺书籍的借书卡上，都留下了他的名字。但这种枯燥刻板的生活，过度的劳累，却悄悄地然而严重地损害了他的健康。他经常咳嗽，一患感冒就很不容易治好，体质渐渐地虚弱下来。
一次，杨石先病倒了。清华校长周诒春带他去见美国神甫校医鲍尔伯。校医为他检查后，又送他到协和医院透视。杨石先不由得紧张起来，但当他走出暗室时，听到神甫说“孩子，感谢主保佑”的话，他才松了一口气。
这件事引起了周校长的关注。他开始发觉学生们的体质存在着问题。为此，他“约法三章”，采取了强制体育锻炼的办法。他让每个学生必须早晨出操；午后四点关闭教室，所有学生必须参加体育活动；晚九点一律就寝。他对学生们说：“体育是完整教育所不可缺少的”。杨石先长久以来养成了不好动的习惯，常常逃避上述约束。一次周校长到操场巡视时，发现他躲在僻静处看书，便严厉地质问：“你为什么违反校规”？他紧张得无言以对。周校长转而关切地说：“这样会把身体搞垮的”。又问：“你将来想于什么？”杨石先说：“当个科学家，用科学技术救国”。校长微微一笑：“你的志向虽然很好，但恐怕难以实现”。“为什么”？“因为你不爱运动，身体得不到锻炼。像你这体格，将来如何耐得劳瘁，学成也无法任事，谈何救国！”
周校长的告诫给了杨石先很大的震动，从此便强制自己参加体育锻炼。起初不过勉为其难，慢慢地领略到它的益处，后来竟至乐而不倦了。爬山是他最喜爱的一项运动，国内名山爬过很多。假期，他常和同学相约去登山旅行。他曾经登泰山观日出，爬黄山赏云海……。
清华学堂的生活是丰富多彩的。教师与学生接触很多，他们常常邀请学生到家中作客。杨石先多次被邀请，给他以宾至如归的亲切感觉，但也有使他感到窘迫的时候。有一天，他在校园里遇见了那位曾给他看病的神甫校医鲍尔伯。神甫显得很亲切的样子说：“孩子，你很聪明，也很诚实，你日后要想有所作为，首先要解脱你精神上的负担，做一个上帝的忠实信徒。”他迟疑地注视着神甫说：“先生，我从来没想过这件事”。神甫想说什么又停住了，然后把一张贴子递给他说：“我给你时间仔细考虑”。尽管没想出得当的对策，晚上他还是奉约叩响了神甫的家门。神甫激动地叫道：“你果真来了，我觉得你是信任我的。”杨石先局促不安地坐下来，一边听着神甫的讲道，一边望着那挂在壁上的耶稣蒙难十字架，竭力寻找它们和他的理想之间究竟有什么联系。这时，他觉得这位神甫竟是一个他所不了解的陌生人。终于，他耐不住了，便对神甫说：“先生，我要读书，我不想把自己的生活由课堂转到教堂。”于是他便如释重负地离开了鲍尔伯神甫的家。
对于宗教，当时杨石先在理性上并无认识。但他小时从父亲那曾听到过有关山东、天津等地闹“教案”的事情，这使他从小就对宗教的所谓圣洁存有怀疑心理。特别是他感到宗教和他的理想之间并无共同之处。如果人教就要每天读圣经，并且还要经常跑到城里的教堂，参加那些繁琐的宗教仪式。他不愿为此而浪费光阴。
杨石先从小立志要成为一个科学家，做一个对国家有用的人。但生活对他并不格外宽厚，他曾遇到了外语的障碍、病痛的困扰和宗教的诱迫，如果不是为了追求一种崇高的理想，单是这些就足以使他垂头丧气了。但他凭着拯救祖国的赤子之心，经过八年的寒窗苦读，终于以优异成绩完成在清华的学业。1918年夏，他告别了祖国赴美留学。
美国康奈尔大学是一座学术优良的学校。杨石先进入该校最负盛名的农科学习。康奈尔大学很重视大学部的教学水准，一些初等课程常由著名教授讲授。但是后来，学校有名的农学教授大都被派往欧洲，帮助恢复那里遭到第一次世界大战破坏的农业。杨石先并未因此感到十分沮丧，他决意另辟蹊径。他看到，化学在人类生活中的地位越来越重要；他受到的植物学教育，又使他发现，农业的进步也是和应用化学的成就分不开的。于是，第二年他决定改修化学。
他身在异邦，常常为祖国的衰弱而忧虑。念及祖国的前途，越发使他刻苦学习。他经常是带着简单的午餐走进课堂、图书馆或实验室，将近午夜才离去。他的各门功课总是班里的前三名。1921年，他取得应用化学学士学位后，进了研究院。1923年，当他只差一年读完博士学位时，忽接家书，得知父亲失业，在北京安徽会馆靠挂牌子卖字度日，全家生计无着。他只好接受导师的建议，用完成的部分论文通过了硕士学位考试启程回国。
回国途中，他在船上与清华同学李济相遇。李在哈佛大学取得博士学位后已受聘于南开大学，后来成为著名的人类学及殷墟考古学专家。李问：“有没有接洽任何机构？”“已有人推荐去浙江大学”。李介绍说：“南开大学张伯苓校长办学出色，他那里正缺化学教授”。当时的南开大学经费支细，教员缺乏，首届毕业生仅有十二人.远不是一个学府胜境。但是，杨石先经过一番考虑，还是选择了待遇虽微薄，而受政府势力影响较小的私立南开大学，作为他潜心追求“教育救国”道路的起步之地。
不久，杨石先在北京家中完婚。他的夫人刘崇瑜是其清华同学刘崇(左金右宏)的妹妹，毕业于华南女子师范学校。她能诗善画，柳体字写得很漂亮。除抗战期间，她在家馆教过英文和国文外，一直在家料理家务。有了这个贤内助，才使杨石先得以集中精力于他的事业。
在南开，杨石先和邱宗岳教授通力合作，担负着全校化学课的教学工作，深得校方信任和学生爱戴。1929年，他得到学校资助，再次赴美深造。张伯苓校长对他说：“你是南开享受教师学术休假制的第一个人，出国期间的工资照发。”他在耶鲁大学任研究员，进行杂环化合物合成的研究工作，因成绩出色被推选为美国“科学研究学会”荣誉会员。1931年，他在获得化学博士学位后，取道欧洲，访问了许多著名学府。在德国，他谢绝了诺贝尔化学奖获得者威朗教授的挽留，于“九一八”事变前二日，经西伯利亚回国，继续在南开大学执教。
在教学中，杨石先要求学生严格却不苛求，待人平易但绝不容忍学习懈怠。他非常关心学生，尽量缩短师生间的距离，使学生能够对学习的内容有深人的了解。一位美籍中国血统学者回忆他三十年代大学生活时曾写道：“南开大学不仅是一个教育组织，而是一个大家庭。师生间的距离可以说没有。杨石先老师的化学课对我说来，并不是本系课程，但是他对每个学生单独的关切，过了几十年的长远时间，还是历历在目”。杨石先与学生间的这种融洽关系充分体现了后来为人称道的南开的一种优良校风。
三十年代的南开大学已略具规模。但是如何使南开化学系成为国内学术优良的系科之一呢？他认为：如果各学科平行发展就无法和一些著名大学相比，南开化学系应搞出自己的特点来，争取在几年时间里使之为人刮目相看。他经过缜密地分析、比较.提出以有机化学为重点的发展方向，并得到系主任邱宗岳教授的支持。其后，他们陆续从国内外聘请了多位专长有机化学的教授来任教，这就为南开化学系后来形成自己的优势和特色奠定了最初的基础。
化学是实验的科学。杨石先不仅非常重视基础理论的教学，而且很早就注意到对学生实验操作能力的培养。因为他在美国留学时，兼管过实验室工作，曾亲眼看到有些中国留学生疏于实验操作，以致常常用饭费赔偿损坏的仪器，结果不得不忍痛改换专业。他常常以此告诫学生，只在读书方面下功夫而忽视实验能力的训练是不行的，因为任何理论和假设都必须通过实验来验证，真正的知识是从实验中获得的。为此，他亲自从国外购买仪器，不断完善实验设备，并经常到实验室指导学生做实验。四十年后，他针对教学和研究工作中不重视实验的时弊，又多次重申上述主张。由于他的努力倡导和躬亲示范，重视学生的基本科学训练已成为南开几十年来师承的传统，并在国内化学教育领域中有着很大影响。
1937年芦沟桥事变后，战火蔓延天津。当时日寇经常到学校窜扰，情势十分危急。张伯苓校长正在庐山开会，杨石先和黄钰生秘书长便组织师生作撤退准备，把大部分图书和少量贵重仪器装箱运往英租界。7月29和30两日，日寇飞机、大炮对南开大学进行野蛮轰炸。他们不顾个人安危，冒着硝烟炮火，指挥师生乘小木船往学校附近的苇塘、稻地里疏散。轰炸之后，本斋图书馆、秀山堂及部分教职员宿舍均遭兵燹之祸；他家也被日军洗劫。当他撤离学校时，除身上一套单衣和一架照像机外，其他财物几乎荡然无存。
1937年8月28日，北大、清华、南开在南京筹组长沙临时大学。他与南开经济研究所方显庭教授闻讯辗转南下。到了秦皇岛，他们搭上一艘挪威籍运煤船南航厦门，再经陆路到长沙，立即投入临大筹组工作。后由于南京失守，日寇沿江西上，长沙遭到轰炸，三校继而迁滇，更名西南联合大学。1938年2月，三百名联大师生在黄钰生先生率领下由湘步行人滇，开始了中外教育史上罕见的长途迁徙。杨石先则与北大经济学教授秦瓒、清华建筑学教授王明之，分别代表三校并理文工三科，先行人滇安排有关建校事宜。他们乘一辆吉普车，另带两卡车物资，在西南群山峻岭间的简陋公路上颠簸了十几天。一次，他们的坐车在悬崖边曾经一轮悬空，险遭不幸。4月，黄钰生在一位东北军师长的协助下，率队胜利抵达昆明。杨石先等前往拓东路会馆迎接步行团。当时间一多已蓄起近尺胡须，曾昭抡浑身长满了虱子，黄钰生声言欲刻“行年四十，步行三千”的图章以志。后来，当杨石先回想起这段艰难的经历，不无感慨地说：“联大师生怀着救国救民的理想走到一起，在颠沛流离中出色办学，成绩得来不易。国家振兴，仍须此种精神。”
西南联大时期，杨石先被推选为理学院化学系和师范学院理化系主任，1943年任教务长。当时，因为张伯苓校长常驻重庆，专心致力于南开中学的建设，所以杨石先和黄钰生便共同代理南开大学在西南联大的事务。在学者名流荟萃的西南联大，他之所以为人推重，既是由于他的学识，同时也是由于他的思想品格和作风。他办事公道，以身作则。当时理学院在昆明城北门外，工学院在西南达西会馆，两院间没有交通工具，许多教授不愿去工学院上课，杨石先推甘就苦，亲自去上课，大家见系主任带了头，谁也不再推诿了。
杨石先器重人才，奖掖后进，对每一个好学的学生都非常爱惜，总是以极大的热情为他们指导求知的门径。
化学家蒋明谦教授谈过这样一段经历：1941年他考取公费留美生后，曾分别给三位导师写信，但只得到杨先生的回信，而且是十多页的长信。信中对如何选择学校、导师、课程.乃至行装、旅程、礼节等都给予详尽的指导。他说，杨先生教我先到规模较小的大学，这里接触导师机会多，便于熟悉美国大学的教育习尚，打好深造的基础。然后必须到一个规模宏大的学校学习，那里著名教授多，学术水平高，可以开阔眼界。如长期停留在比较小的大学，眼界受到局限，难于了解学术发展趋势及当代科学发展的主流。
蒋明谦教授谈起这段往事总是怀着感激的心情。他说：“杨先生学识渊博，对欧美著名化学家比较熟悉，能对他们的学术水平有恰当的评价。我按照他的指导，先后到马里兰大学药学院和伊利诺大学化学系学习。在伊利诺，我对基团负性发生了兴趣，导致我后来提出诱导效应指数。杨先生的指导和帮助，给我铺平了通向专业的道路，使我能够在学术思想上有一定的见解。我愿将杨先生诲人不倦的精神世代相传下去。”
杨石先不仅关心学生和青年教师在业务和品德上的成长，也非常关心他们的生活，对那些经济拮据的青年，经常给予热诚的帮助。无机化学家申泮文一度就是靠着他的资助才渡过了停学的危机。一个夜晚，申伴文含着眼泪找到杨石先家里：“杨先生，我家不是沦陷区，没有我的助学金，可是家里又没钱供给我。我念不下去了。”杨石先沉思了一下问：“你每月需要多少钱？”“每月有十元就够了。”于是杨石先提笔给他开了张便条，告诉他：“每月到南开办事处从我的月薪里支取吧！”然而，在当时物价飞涨的艰难岁月里，他自己不得不靠典卖衣物补贴家用。他对青年教师也是这样关怀备至。量子化学家唐敖庆就曾受到杨石先的照拂和成全。他在一篇文章里披露：“1943年，我的爱人从家乡到昆明与我结婚。当时我们的生活很困难。杨老师知道后，先是介绍我当家庭教师，后来又介绍我到中学兼课。通过这些额外收入，免除了我一家的饥馁。”可见，当时他之所以深孚众望确系品德高尚，堪作楷模的结果。
1982年，杨石先以望九之年重访故地。”置身于西南联大旧址——昆明师范学院(现为云南师范大学)校园，使杨石先感到惊异的是，他已无法寻找留在记忆中的昔日生活的痕迹。联大是抗日战争时期的产物，一切都带有战时色彩，校舍分散、简陋、破旧。改在映人眼帘的，却是高大的图书馆、教学楼和秀丽的校园。当他来到一椽茅舍前，他许久打量着这唯一保留下来的以泥坯为墙，稻草做顶的联大教室，风趣地说：“记得当时还有一种铁皮顶的教室；夏天泥地上长草，雨天铁皮顶奏乐，讲课要大声喊叫才行。”不论是谁，站在这历史遗迹前，总会要问：联大在这样条件下，为何能培养出那么多优秀人才？杨石先告诉大家：“因为师生们都关心着祖国的前途命运。
在整个联大期间，看不到对祖国明天丧失信心的情景。当时条件很差，但恶劣环境磨砺了大家的意志。同学们怀着中兴之志刻苦读书，许多人的论文是在茶馆里完成的。所以开茶馆当时在昆明已成盛业。”他举例说：“就以化学系为例，我们想尽一切办法改善实验条件，有时冒着土匪打劫的危险到云南内地去买药。另外尽量多开一些高级的课程。联大学生毕业后到国外去，基础理论非常扎实，一旦掌握了先进的实验手段，便会在科学上获得成功。联大的许多教师，不论才学、品德都为人敬重，不愧是学生效法的榜样。”在行将告别故地之际，他伫立在西南联大纪念碑前，无限感慨地说：“联大经历过怎样一个历史时期啊！科学人才和革命志土的同时涌现，给联大的历史带来了殊荣。这种优良学风和革命传统，在新的历史时期依然可以激励一代新人！”
1945年，抗战胜利前夕，杨石先赴美考察教育，在印第安纳大学做访问教授兼研究员，从事一种中国植物抗疟要素的化学性能的研究工作。由于他的出色工作被推选为美国“化学学会”荣誉会员。1947年，当他准备回国之际，该校化学系主任兼研究院院长挽留他说：“你们国家正在打仗，华北就要成为战场。您可以把家眷接来，在这里从事研究工作。我们非常需要像您这样有才干的人。”杨石先毫不迟疑地说：“我们国家更需要人，我要把我的知识奉献给祖国。”他毅然放弃了优越的研究条件和生活待遇，踏上了归途。回国后，他始任南开大学教务长，后任代理校长职务。当时，正值蒋介石反动派发动内战时期。政治日趋黑暗，教育景况惨淡，在津复校时期的南开大学正处于艰难解蹶之中，这使他痛感到“教育救国”的夙愿难以实现了。
1948年冬，天津近郊响起了临近解放的隆隆炮声，一些人相继南去，而杨石先谢绝了几次的劝行，期待着新生活的开始。
春天回到了祖国大地。1949年回月天津解放。9月，他作为教育界的代表出席了第一届全国人民政治协商会议。10月1日他又参加了开国大典。在天安门城楼，周恩来总理把他介绍给毛主席。握着毛主席的手，他的心被一种难以言状的感情所激荡。处在新中国诞生的伟大时刻，聆听着毛主席发出的“中国人民从此站起来了”的庄严宣告，他心潮澎湃，情不自禁地眼中滚动着热泪。这个在旧中国生活了大半辈子的知识分子，经历了从清朝末年到蒋介石反动统治的几朝弊政，亲眼目睹了积弱不振的中国的苦境。在旧社会，他痛感到国家的危亡、民族的耻辱，曾怀着书生的梦幻，三次远渡重洋，刻苦求学，以寻找救国的出路而不可得。新中国的诞生，将会使他梦寐以求的理想变成现实，他可以用自己的知识报效国家了。
解放后届石先担任了南开大学校委会主席，1957年任校长职务。在党的教育下，特别是在周总理的亲切关怀下，他不断取得思想上的进步。1951年9月，他听取了周总理在接见京津部分知识分子时所做的长达六小时的报告。他被周总理严于解剖自己的纯洁党性和光明磊落的共产党人胸怀所感动，增强了改造旧思想的自觉性。
1954年9月，应杨石先的请求，周总理在中南海西华厅单独接见了他。这样的机会使杨石先得以表示许久以来对周总理的崇高敬意，并更多地聆听他的教益。交谈不拘形式，他们从南开今昔谈起，犹如故友重逢。这种亲切的气氛，使杨石先觉得以琐事相扰的不安心情顿时平静了下来。他向周总理汇报了工作。当他讲到一直为兼职过多而困扰，请求帮助解决的时候，总理爽朗地笑了，仔细地询问他都担任了什么职务，重点放在哪里，工作负担怎么样？杨石先—一回答。总理具体地指导他安排各项工作，接着指出：“你是科学院学部委员、化学组组长，应把精力集中在科研工作上。我们国家科研队伍很小，力量很薄弱，应尽可能地加强这方面工作。”然后总理语气深沉地问他：“过去你曾有过‘教育救国’、‘科学救国’的想法。你教了几十年书，搞了多年科研，国内搞不了，多次到国外去搞，救了国没有？国民党反动派只是把你们当作装璜门面的点缀品，根本谈不上发挥你们的作用。现在呢？时代不同了，中国共产党将为知识分子提供‘用武’的广阔天地”。听了总理的话，他感到思想开朗，心情舒畅。后来，他遵照周总理的指点—一去做，在吴大任副校长协助下学校行政工作果然处理得比较妥善，科研工作也能够顺利进行。党的关怀和期望，激励他不断取得政治上、思想上的进步。1960年3月21日，他终于光荣地加入了中国共产党。
杨石先主持学校工作期间，他自觉接受党的领导，积极支持党在教育方面的许多改革，不论做任何工作总是倾注着自己的全部感情。他服从真理，却不盲从谬误。他是用科学家的严谨态度从事学校领导工作的。解放初期，各大学外语课均以俄语取代英语。他当时就指出，这是一种非常狭隘的做法，将来必定会由于语种的偏狭造成我国科学发展上的极大缺陷。同时，对于一个时期里，高等教育忽视质量，盲目追求数量的做法，他表示过极大的忧虑。他说：“大学培养的学生，其质量高低决定着学校工作的成败。没有质量的数量是虚假的。”他非常赞赏老南开重视教学质量管理，坚持高标准培养目标的好传统。为了继承这个传统，纠正当时忽视教学质量的倾向，他积极支持制订了《南开学则》。
杨石先一向坚持认为高等学校应担负教学和科研的双重任务。1958年他就指出：“高等学校是国内具有最雄厚的科学研究后备力量的机关”，“应发挥科学潜力积极开展研究工作。”他经常强调，同时注重教学和科研是南开大学的优良传统。他说：“南开大学很早就认识到科研的重要性。在解放前尽管它是一个规模不大的私立学校，却有一个经济研究所，一个应用化学研究所，开国内大学从事科研之先河。”
同时，他坚信并遵循周总理的正确指示，把自己的主要精力放在科学研究方面。通过长期观察，他发现国际上农药研究有从无机农药、植物性农药向有机农药过渡的趋势，于是他首先在我国倡导并实践有机农药化学研究的方向，开始合成一系列新植物激素。1956年，他从磷酸酯类结构的改变会带来生理作用的变化这个特点出发，又着手研究当时国内尚属空白的有机磷化学。1956年，他参加了周总理亲自主持的我国第一个科学技术发展规划的制订工作。为适应我国农业发展的需要，他受周总理的委托，毅然放弃了从事几十年的药物化学研究，接受了农药研制的光荣任务。
1958年，毛主席到南开大学视察了他和师生办起的“敌百虫”、“马拉硫磷”两个农药车间，对他们的工作给予了很好的评价。这一年，他当选为中国化学会理事长。1962年，在参加我国第二次科学技术发展规划和全国农业规划会议后，他又一次受周总理委托，创建了我国高等学校第一个化学研究机构——南开大学元素有机化学研究所。继有机磷化学研究后，又开展了有机氟、有机硅、有机硼、金属有机化学等新领域的研究工作，填补了我国化学学科中的一个又一个空白。杨石先以他渊博的有机化学、无机化学、药物化学和园艺学等方面的学识，带领着科研人员，经过数以百计的实验，研制出磷32。、磷47、灭锈一号和除草剂一号四种农药，并且获得了国家科研奖。
解放后的十七年里，杨石先对党的教育科学事业呕心沥血。在他的领导下，经过全校师生员工的努力，南开大学无论在规模上，在教学和科研水平上，都得到了空前的发展和提高，而成为我国教育和科学研究体系中的骨干力量之一。
“文化大革命”犹如一场突如其来的冰雹打在一片绿油油的庄稼上，这场灾难几乎毁灭了南开大学。
“文革”初期，当罪恶的矛头危及杨石先的时候，周总理立即指示说：“南开大学杨石先等同志是搞科学研究的，要关心、保护他们。”根据总理的指示，校长办公室问他有什么东西要保管，他说：“请把我长期积累的几万张科研卡片保存好。”在那场浩劫中，尽管搞科研已成为一种罪名，但他仍以研究工作为念。动荡、纷扰不安的生活并没能使他的科学思索停顿。到了1968年冬，形势愈发险恶，“国民党残渣余孽”、“南大特务集团总头子”、“资产阶级反动学术权威”的诬陷之词，铺天盖地般地向他飞来。后来，他的校长职务也被不明不白地撤掉了。周恩来知道后，气愤地说：“我了解南开大学。南开大学哪来的这么多叛徒、特务、反革命！”由于周总理的保护，才使杨石先幸免成为冤案的牺牲品。
杨石先性格内向、含蓄、蕴藉。他平时言语不多，才情不外露，喜怒也不常常溢于言表。他总是尽力使自己的心弦静止下来，以至不发出一点声响。当他被赶到集体宿舍坚持“三同”，被送往农村接受“改造”，他无不默默地听命调遣。就是当他的房前两道布上了鹿砦，卧室墙壁被凿穿，武斗中投掷的燃烧瓶，在他家的门窗前爆炸的时候，他仍能压抑着满腔的愤怒，执着地伏案工作。但是，当闻讯农药中试车间要被砍掉，车间楼板被砸，反应釜遭到破坏的时候，他忍无可忍，拍案而起。他用颤抖着的手写了一张大字报，指责毁掉中试车间是对人民的犯罪。
在学校、在天津，受“四人帮”极左思潮影响或控制的一些领导人还规定元素所科研人员只准出不准进，还强行收走公章，摘掉元素所的牌子。他们说：“学校不是科学院，要研究所干什么？”杨石先针锋相对地予以严词斥责：“世界上很多研究工作，都是学校搞起来的。你说元素所没用，外面却急等着农药用，你知道不知道？元素所不是我杨石先要办的，它是根据国家的需要，受周总理的委托办起来的！”他浑身抖动，把手攥紧紧的，“国家花了那么多钱，广大农民急着要农药，可你们却千方百计要拆元素所。你们对得起谁？叫我如何向周总理交代！”他殷殷以党的科学事业为念，冷对猖狂，蔑视强梁，充分表现了一个老知识分子的高风亮节。这不禁使人想起，1945年杨石先书赠西南联大法学会题词中所写：“青松在东园，众草没其姿，凝霜殄异类，卓然见高枝”的诗句。经霜青松更高洁，不正是他不屈服于政治压力的高尚品格的写照吗！
七十年代初，我国水稻产区发生了白叶枯病，每年因此减产约百分之十左右，个别地区减产高达四五成。白叶枯病传染起来非常可怕，特别是遇上暴雨和大风，一天之内可使成千上万亩水稻枯黄。为防止蔓延，常常不得不放火将病稻烧尽。有一个资本主义国家研制成功一种防治水稻白叶枯的农药，但对我国进行严密技术封锁。为了攻克白叶枯病，在“四人帮”统治垂死挣扎的形势厂，杨石先指导他的助手们在遭受创伤的实验室里不屈不挠地进行着研究工作。为了查阅文献资料，不管风雨寒暑，他是资料室里仅有的几个人中来得最早走得最迟的一个。他们经过一年多的奋战，做了近百个合成物，试验了十几条路线，终于研制出了防治水稻白叶枯病的新农药——叶枯净。
“四人帮”覆灭，祖国昂然进人广一个新时期。1977年8月初，邓小平副主席复职后抓的第一件大事是召集三十位全国著名的科学家、教育家开座谈会，研究如何把科研、教育搞上去。杨石先被邀请参加了座谈会。他在会上提出了四点建议：一、恢复国家科委，以统一规划、指导，协调全国科技工作；二、在我国驻美国联络处(当时中美尚未正式建交)设一位科学教育秘书，以适应即将开始的两国科技教育交流的需要；三、通过一定方式选拔优秀科技人才，保证科技队伍后继有人；四、采取措施，使中年教师从繁琐事务中解放出来，充分发挥他们的骨干作用。邓小平同志肯定和赞扬了他的建议，并指示有关部门采纳实施。
看到几乎被“四人帮”毁灭的教育、科学事业开始萌动着生机，杨石先感受到精神解放的无比欢悦。“但得夕阳无限好，何须惆怅近黄昏。”年逾八旬的杨石先满怀信心地开始着手医治“文化革命”给元素所造成的创伤。
元素所由于进行的是应用课题的研究，虽然受到的破坏不象基础研究那么大，但是，骨干大都被调走，而且十几年间所里几乎没有获得新的研究仪器，许多已有的设备被损坏。他经过多方筹划，在短短的二、三年时间里，相继调回了一些科研骨干，收回了农药中试车间，争取联合国贷款从国外购置了先进仪器设备，建立了毒理室、激素组和剂型组，健全了农药科研体系，积极指导该所科研工作的恢复和发展；并且还亲自译书，亲自培养研究生，人们无不为他老当益壮的精神所感动。
但是，他所面临的问题绝不仅是这些，科学本身，即农药的发展趋势问题又摆在了他的面前。七十年代末期，出现了一种将农药与环境保护对立起来的有害观点，认为植物的病、虫、草害将由生物防治取代化学防治，致使在我国农药产量还不能满足需要的情况下，造成几十种农药停产的现象。基于对世界农药领域发展趋势的长期观察和研究，杨石先对解决农药污染问题持乐观态度。
他坚信，化学给人类带来的困扰，最终也将依靠化学来解决。他在讲述“现代的化学农药”的一个报告中.明确指出：化学防治在任何国家中至今都是重要的植物保护手段，而且仍在发展之中。环境问题的提出使化学防治手段受到冲击，确是一件大好事，使我们考虑如何战胜污染，保护环境。包括化学、生物在内的综合防治才是植物保护唯一正确的方针。正是由于他不断地给予科研工作以权威性的指导，才使元素所成功地研制出各种杀虫剂、杀菌剂和除草剂等十几种新农药，为促进我国农业的发展做出了重大的贡献。
1979年杨石先重新被任命为南开大学校长。这一任命可以说是众望所归。复职后，他对校党委为贯彻党的十一届三中全会精神而开展的各项工作都积极拥护，热情支持，坚决贯彻，从而使得南开大学能够及时地完成工作重心的转移，教学科研工作逐步走上正轨。
为了办好南开大学，他全神贯注于自己的工作，每天从不午休，连续工作十几小时。对于一个时年八十三岁的老人来说，这简直是令人难以置信的。在他任职期间，他反复思考的是教师队伍的建设问题。他说，弥补十年浩劫在人才方面的损失，将是一个极为艰巨的问题。应由老教师承担起培养新教师的任务，同时要评选优秀毕业生留校当教师，要派遣师生出国训练，要从国外引进人才。他非常重视现有教学、科研人员的业务进修，并带头培养研究生。同时，他还积极探索和寻求和国外一些著名大学建立学术交流的机会。凡是和他略有接触的人都会看到，他是怎样不避繁难地亲自处理国外函件，亲自接待外国来访者和即将出国进修的师生。在南开大学恢复开展国际学术交流的最初阶段，几乎所有出国进修和留学的师生都曾得到过他的直接关怀和帮助。许多著名外国专家应邀来校讲学也都是由他亲自做出安排。可以说，在开创南开大学国际学术交流活动新局面方面，他起了推动作用。
当时，杨石先除担任南开大学校长一职外，还是五届全国人大代表、五届全国政协常委、中国科协副主席、天津市科协主席、中国化学会理事长，其本兼各职多达十六项，工作的繁重是不言而喻的。以常人来说，有了他这样的成就和高龄，本来可以颐养天年了。但根据党的事业需要，他不顾年迈多病，总是奋勉自励，竭尽所能，从不度过一天的悠闲岁月。人们无不为他这种强烈的事业精神所感动。更为可贵的是，1980年，他响应党中央的号召，从党的长远利益考虑，为了使年富力强的同志早日走向领导岗位，又率先提出了辞去校长职务的请求，在全国高教战线产生了很大的影响。198年，中央接受了他的请求，并任命他为南开大学名誉校长。
1985年2月19日，德昭学界的一代宗师，我国科坛巨星杨石先与世长辞。南开大学万名师生怀着眷念和钦敬的心情和他告别。党和国家领导人邓颖超、聂荣臻、方毅，全国政协、民进中央。中国科协、中国科学院、教育部、化学工业部、中央统战部以及著名科学家周培源、华罗庚、金善宝等300多个单位和个人发来唁电，对他的逝世表示沉痛的哀悼，深深地感念他对发展我国的教育和科学事业所做出的贡献。
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