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针对企业税收征管专项审计发现的问题，国家税务总局高度重视，组织各有关税务机关迅速行动，及时、负责地开展整改工作，取得了明显成效。
审计署对17个省(区、市)788户企业2002和2003年度纳税情况抽查结果公布后，国家税务总局立即召开会议，研究整改措施，连续下发文件，通报审计发现的问题，要求各级税务机关统一思想，提高认识，认真落实，及时、负责地进行整改。国家税务总局对审计报告指出的具体问题，限时整改，逐一核实，做到个个有回音，事事有着落。目前，除个别问题还在进一步核实、整改外，审计报告中提出的四个方面问题，基本上都得到了纠正。一是关于人为调节税收进度问题。税务机关核实缓缴税款等147.72亿元，已纠正并入库147.64亿元。二是关于企业会计核算和申报不实，导致税收流失问题。税务机关经进一步稽查，核实22.24亿元，已纠正并查补税款19.91亿元。三是关于地方政府干预国家税收政策执行问题。税务机关核实11.94亿元，已纠正9.91亿元。四是关于征管不力造成税收流失问题。税务机关进一步调查核实87.64亿元，已纠正79.13亿元。截至10月底，有关税务机关已纠正问题税款共计256.59亿元，纠正率为95.2%。有关违纪单位和人员已受到了严肃处理。
国家税务总局表示，专项审计对发现税收征管中的问题，推进依法治税，强化税收征管都具有积极的作用，有利于税收事业持续健康发展。各级税务机关要通过审计整改，认真汲取教训，举一反三，进一步推进依法治税，不断提高税收征管的质量和效率；要严肃法纪，切实加强减免缓退税管理，不得随意解释税法，不得违规越权审批；要加大力度，严厉打击涉税违法犯罪行为，整顿和规范税收秩序；要强化监督，稳步推进税收执法责任制，严格实行税收执法过错责任追究办法，对税务人员的执法行为进行及时、有效的监督。
有关地区和部门要从大局出发，依法办事，严格执行国家税收法律法规和各项税收政策，切实维护国家税法的统一性、权威性和严肃性，进一步支持、协助税务机关做好税收征管工作。
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