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目前事故原因还未完全查明，但综合各方面的调查结果，购、种两环节出现严重违规是此次事件发生的重要原因。
6月16日到17日，泗县大庄镇卫生防疫保健所对全镇19所中小学的2500名学生接种甲肝疫苗。截至目前共有121名学生出现异常反应，其中重症20名，1名死亡。这些学生普遍反应头疼、胸闷、四肢乏力，严重者呼吸困难，间歇性四肢痉挛，并伴有心肌损伤症状。
事件发生后泗县有关部门一方面加紧对发生不良反应的学生紧急治疗，另一方面，就地封存了了剩余的甲肝疫苗。21日安徽省食品药品监督管理局和卫生厅组成联合调查组赴泗县了解事件发生全过程。记者从联合调查组获悉，目前的证据表明镇防保所在购买甲肝疫苗和接种甲肝疫苗过程中存在严重违规的行为。首先，疫苗的购货渠道混乱。镇防保所购进的4000支甲肝疫苗生产单位均是浙江普康生物制药有限公司，规格为每支1毫升，其中1000支系县防疫站提供，3000支为所里购买。负责采购疫苗的防疫员周士凯称，这3000支是他在6月15日从滁州市一个体户张鹏处购得，开具的是阜阳齐力医药有限责任公司的假发票。有关部门沿此线追踪张鹏寻求更多的线索时，张鹏突然失踪，目前滁州方面正在寻找此人。由此，调查组称，目前还不能肯定不具备疫苗营业资格的张鹏通过什么渠道从普康公司购进甲肝疫苗，又是怎样与大庄镇防保所接上业务关系，从他这个渠道还曾向外卖出多少甲肝疫苗。
记者了解到，普康公司的两名工作人员也已到达泗县，在观察剩余的疫苗外包装后，他们初步判断这些疫苗确系该厂生产，但这两名工作人员不愿进行书面证明。
其次，镇防保所在接种疫苗过程中也存在多处违规之处。根据《疫苗流通和预防接种管理条例》第29条，接种单位应当依照国务院卫生主管部门的规定对接种情况进行登记，并向所在地的县级人民政府卫生主管部门和县级疾病预防控制机构报告。但据泗县在26日的情况通报，镇防保所进行如此大规模的集体接种，未经过县卫生、教育主管部门和大庄镇政府同意，是擅自与19所中小学校联系进行接种。同时在接种过程中也缺少详细记录，给学生接种的甲肝疫苗共有6个批号，缺少记录给卫生部门分类排查比对带来了极大的困难。在泗县大庄镇，群众普遍还存在着这样的疑惑，甲肝疫苗是二类疫苗，不属于强制接种范围，但防保所此次接种行动涵盖了全镇所有的中小学，防保所与学校之间为何能达成默契？记者了解到疫苗接种利润极高，防保所购进的普康生产的甲肝疫苗价格为每支6.4元，加上每支0.2元的注射器，成本不到7元，但每名学生被收取了25元的免疫费，学校则能按每名学生1元的标准获取提成。
安徽省药监局的同志告诉新华社记者，24日被封存的疫苗样品已送至中国药品生物制品检定所，最快10天后能得出对疫苗安全性的结论。25日，安徽省食品药品监督局稽查处已派人赶赴浙江杭州，详细了解普康公司疫苗生产销售情况。
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