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“九一八”事变后，由日本陆军参谋本部酝酿出台的最适合日本国情的秘密的细菌战计划逐步开始了。
1938年6月，辗转各地进行细菌武器研究的“石井部队”正式移驻距哈尔滨20公里的平房地区，将平房区120平方公里划为特别军事区，核心区占地6.1平方公里。在这个庞大的特别军事区内， 731部队的人员编制、占地面积以及细菌生产量都得到最大限度的增加，成为二战期间世界上最大规模使用人体进行细菌武器研究和生产的基地，人员编制达3000人。
在这支庞大的细菌部队中很多高级军官都是日本各大医学院毕业的高材生。在731部队中大部分判任官都是文职官员，是技术骨干力量，他们对鼠疫、伤寒、霍乱、炭疽等细菌进行精确的研究和大量的繁殖，并利用染菌跳蚤能有效传播鼠疫菌的途径进行了大量的细菌战。
其实早在1932年，石井部队就在距哈尔滨70公里的五常县荫河使用活人进行生体试验，他们将被试验者称为“马路大”。 1935年底， 731部队开始陆续迁到平房地区，加大了对试验材料的需求，疯狂实施了这个世界上独有的对同类进行大规模生体试验研究和细菌战的计划。仅在1939年至1945年， 731部队就将至少3000名中外人士直接杀害在各种活体试验中。
1945年，随着日本军队亚洲及太平洋战场上的节节溃败，石井四郎下令将作为细菌试验中心的“四方楼”彻底炸毁，炸毁前将关押的最后一批未被试验的400多人，用毒气杀死，并用火焚烧这些尸体并将许多并未烧尽的尸体用卡车秘密运往松花江边，并将尸体投入松花江。
据最保守的估计，命丧731部队之手的遇害者数以千计。而在侵华日军发动的细菌战中，实际遇害人数至少30万。二战后的很长一段时期内，日本政府一直否认731部队的存在。
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