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在国务院的政府组成部门中，财政部负责编制年度中央预决算草案并组织预算执行，也被称为国家的“钱袋子”，而另一个部门，国家发展和改革委员会是中央财政一级预算单位，负责组织分配中央预算内投资、国债投资和其他政府投资。可以说，这两个部门共同承担中央预算管理任务。
审计公告称，财政部在中央预算管理、制度、体制等方面还存在一些需要进一步改进的问题；国家发改委在组织分配政府投资、预算执行和执行上年审计决定等方面也存在诸多不规范的地方。
这些不规范包括：
(一)中央部门人均基本支出水平差距较大，相差10倍以上。
公告称，虽然财政部对部分部门的部分项目实行了定员定额管理，但历史原因形成的部门之间占有资源的不平衡，导致基本支出水平出现了不合理差异。据对45个中央部门2004年决算抽查，部门人均基本支出水平高低相差10倍以上。
(二)中国人民银行、国家广播电影电视总局的收支未完全纳入中央预算。
目前，财政部对中国人民银行的预算管理采取核定基本支出、项目支出、其他支出指标，由其在收入中直接坐支的办法，导致中国人民银行的财务收支均未在中央预算收支中体现，且人均基本支出水平过高，既影响中央预算的完整，也不利于人大、政府的监督和管理。
目前，财政部对国家广播电影电视总局所属的中央电视台、中央人民广播电台实行预算包干的办法，其广告收入作为事业收入，免缴所得税，并分别按13%和10%的比例上缴国家广播电影电视总局。审计署认为，这种做法不利于加强财政预算管理。
(三)有的中央本级支出预算与补助地方支出预算划转不规范。
2004年，财政部在预算执行中将中央本级支出预算99.47亿元划转为补助地方支出，将补助地方支出预算26.67亿元划转为中央本级支出。
公告认为，出现这种情况，既有某些政策规定与预算管理制度不相符合的原因，也与年初预算未能细化到部门和项目有关。
(四)财政部未完全将公有住房出售收入统筹用于职工住房补贴。
2004年，财政部在中央和国家机关公有住房出售收入结存资金达82.1亿元的情况下，在预算内安排中央部门单位住房补贴支出30亿元，不符合国家关于向职工发放购房补贴，应首先使用本单位公有住房出售收入等形成的住房基金的规定。
(五)国家发改委对有些县际和农村公路改造工程审查把关不严，安徽等9省通过重复申报等多获取中央补助资金13.2亿元。
审计署抽查发现，安徽、陕西、贵州、河南、广东、四川、江西、山西、新疆9省(区)124个项目，以县际和农村公路改造、扶贫公路、旅游公路等多种名义重复申报，或多报建设规模等，获取中央补助资金13.2亿元。
(六)国家发改委超范围安排投资2048万元。
2004年国家发展改革委在“中西部地区基层司法所”4亿元投资中，对非中西部省份安排299个项目2048万元。(七)中央预算内基本建设投资年初预留比例过大，有些国债投资计划下达不及时。
2004年，国家发改委在安排中央预算内投资304.5亿元时直接预留74.8亿元；在审批下达的229.7亿元中，含有可研报告尚未批复和“打捆”项目40.3亿元、4个部门未细化的投资15.1亿元。实际年初落实到项目的资金虽有提高，但还未达到75%的要求。另外，在安排国债投资1480亿元时，有38%的国债投资直到第4季度才下达计划，“优质粮产业工程”、“动物防疫体系工程”在年底才下达计划，造成13%的国债资金财政部第二年才下拨。
(八)违规审批国家粮食局科学研究院科研楼项目，并安排投资6000万元。
(九)国家中药材储备资金已损失或被挤占挪用2.27亿元。
今年6月份，审计长李金华在向全国人大常委会作汇报时曾提到，虽然近年来积极推进财政管理体制改革和投资体制改革，并取得了显著成效，但科学规范的财政管理和投资管理机制尚未建立起来，预算分配还缺乏科学的标准，事责不清，透明度不高的问题仍然存在，部分资源配置和项目管理还缺乏公平和效率。这些问题需要通过不断深化改革、加强管理，逐步加以解决。
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