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以一流科研队伍和科研成果，彰显一流大学整体实力的南开大学，新年伊始收获了他们锲而不舍坚持创新办学与科研的成果。2005年度国家科技三大奖中，南大获得3项自然科学二等奖(一等奖空缺)和1项科技进步二等奖，其中自然科学奖数量与清华并列全国高校首位。
南开大学校长侯自新在接受采访时说：“荣获国家科技大奖是学校多年坚持内涵式发展、坚持自主创新的成果。”近年来，南开大学明确提出了“求精、求强、注重特色”的发展思路，从2003年至今，南大连获7项国家自然科学二等奖、1项技术发明二等奖和2项科技进步二等奖，覆盖了数学、化学、物理、生命科学、环境科学、信息等学科，体现了综合性研究型大学的优势和特色。2003年以来，南开大学连续3年共获7项国家自然科学二等奖，位居全国高校首位。
南开大学三年中的7项自然科学奖成果无不经历过长期积淀，获奖成果的研究过程最长的近30年，最短也达到12年之久。这其中每项成果都是老中青学者密切协作的成果，浸透了几代科学家薪火相传的心血，体现着南开学人一脉相承的科学精神与团队精神。与此同时，南开大学的教师们还与其他单位强强联合开展研究，取得了丰硕成果。化学学院教授严秀平作为第二完成人与中科院专家合作的“有毒化学污染物形态研究中的联用技术、方法学及相关机理”，环境科学与工程学院教授戴树桂作为第三完成人与中科院专家合作的“典型化学污染物环境过程机制及生态效应”，先后获得2003年和2005年国家自然科学二等奖。为科教兴国事业做出重要贡献的科技工作者，在南大也得到了崇高的荣誉。
学校每年向他们颁发科技成果特别奖，给予相应的配套奖励，并对在国际各学科顶级期刊发表论文的教师给予奖励。
激励科研创新的机制和氛围，使南开大学形成了锐意创新和善于攻关的人才梯队。中青年学术骨干近年来挑起大梁。陈瑞阳、廖代正2003年获奖时分别为70岁和64岁，2004年国家自然科学二等奖成果“辛道路的指标理论与在非线性哈密顿系统中的应用”第一完成人龙以明教授56岁，而2005年国家自然科学二等奖成果“光折变新效应、机理与器件的研究”第一完成人许京军和“Atiyah-Singer指标理论的若干研究”完成人张伟平分别为39岁和41岁，南开逐渐显露出人才辈出的科研“后劲”。
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