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这次审计发现中央政府投资管理中存在的主要问题是：
1.至2005年底，尚有国债资金234.54亿元没有安排下达或投入使用，占当年可安排国债投资的20.1%。其中，发展改革委未下达投资计划，结转下年58.25亿元；因投资计划下达较晚，以及地方财政部门对部分国债转贷资金未按规定向财政部作出还贷承诺等，财政部对发展改革委已安排的投资计划153.48亿元未拨付资金；已拨付的国债投资有22.81亿元结存在南水北调工程项目，未投入使用。上述做法影响国债投资的预期效益，也增加了国家的债务成本。
2.对354.4亿元中央预算内投资，发展改革委年初下达计划267.37亿元，扣除其中含有的可行性研究报告尚未批复和“打捆”项目22.98亿元，以及未细化的投资1.67亿元，实际落实到项目242.72亿元，占当年中央预算内投资的68%，未达到“有预算二次分配权的单位年初下达预算要达到当年预算75%以上”的要求。
3.在“淮北大堤除险加固工程”等5个项目的可行性研究报告、“淮河干流上中游河道整治及堤防加固工程”等5个项目的初步设计尚未得到批复的情况下，发展改革委下达中央预算内投资计划10.9亿元，不符合国家关于基本建设程序的规定。
4.2005年10月，发展改革委在下达煤矿安全改造项目投资计划时，对财政部已拨付关闭破产补助38.33亿元的10个资源枯竭型关闭破产煤矿，安排安全改造资金2741万元。对政策性关闭破产煤矿，不应再安排安全改造资金。
5.部分补助地方投资项目还存在额度较小，不利于更好地发挥中央政府投资效益的问题。审计抽查122.52亿元的10项国债投资计划，共安排13 488个项目，其中100万元以下的项目11 479个，占总数的85.1%(20万元以下的项目2628个，占总数的19.4%)。
6.部分专项投资存在内容交叉，资金多头审批安排的现象。2005年，发展改革委、交通部分别使用“中央预算内投资”、“国债投资”、“车购税”和“以工代赈”等资金263.3亿元，安排“县际和农村公路改造”、“通达工程”、“乡村公路”等6项专项投资，这些专项均涉及农村公路建设，内容相近，资金多头下达。发展改革委内部有些业务司在专项投资设置上也存在不整合、内容交叉，甚至重复安排投资计划的现象。如2005年，发展改革委社会司分别安排了4项涉及农村医疗的专项投资计划。对齐齐哈尔二机床集团公司的“大重型数控铣镗床”项目，发展改革委两个业务司重复安排国债资金补助。
7.去年中央预算执行审计中曾发现，发展改革委到2004年底才下达“优质粮产业工程”、“动物防疫体系工程”当年国债投资计划。从今年审计情况看，这一问题仍未得到解决。因发展改革委与农业部对这两个项目应以谁为主下达投资计划的意见仍不一致，致使这两个项目2005年度的投资计划直到当年11月27日和12月30日才下达。
中央预算管理中存在上述问题的原因是多方面的，既有财政体制、投资体制改革不到位的影响，也有管理不严格、制度不落实的因素。从管理层面看，有些资金分配缺乏科学、合理的标准和依据，还存在一些不够公正、公平的问题；预算编制和计划安排比较粗放，公开透明度比较低，导致执行过程中随意性比较大，不利于增强自我约束、加强外部监督。从体制层面看，中央和地方政府事权划分还不够明晰，转移支付和投资项目设置目标还不够明确，部门之间职能交叉、安排的项目内容重复，加上中央财政统得过细，在预算管理级次多、资金链条长、信息不对称的情况下，不利于加强项目管理，影响中央预算资金的科学使用。
二、中央部门预算执行审计情况
此次共审计48个中央部门，同时延伸审计274个二级预算单位，占这些部门1063个二级预算单位的26%。2005年，这48个部门共收到财政拨款2286亿元，支出2314亿元。这次审计检查了财政拨款793亿元，占这些部门当年财政拨款的35%，其中，部门本级582亿元，二级预算单位211亿元。
审计结果表明，中央各部门紧紧围绕贯彻落实科学发展观和构建社会主义和谐社会的要求，重视和加强部门预算管理，不断完善财务管理制度，2005年度预算执行总体情况是好的，预算和财务管理水平进一步提高。
一是基本做到及时足额批复预算。2005年，48个中央部门基本能够按照预算法的规定向所属单位批复财政拨款预算，及时批复预算的比率为98%，其中38个部门达到100%。
二是较好地执行了各项财经法规。各部门、单位认真执行预算法、会计法等财经法律法规和国务院《全面推进依法行政实施纲要》，坚持依法理财，认真执行预算。这次审计查出的2005年度新发生的违法违规问题金额8.65亿元，仅占审计当年资金量的0.6%。
三是内部管理进一步加强。据统计，48个中央部门近两年制定和修订财务管理制度139项。2005年，有9个中央部门组织对本系统财务管理情况开展了自查自纠。
此次审计发现违法违规问题55.1亿元，其中2005年新发生的8.65亿元，占15.7%；发现预算编制不细化、批复不及时等预算及财务管理不规范的问题658.58亿元，其中2005年新发生的345.39亿元，占52.4%。审计还查出违法案件线索12件(涉案人员25人)，已移送司法机关和纪检、监察等部门进一步查处。
在审计发现的55.1亿元违法违规问题中，属于部门本级的有12.66亿元；发现的658.58亿元预算及财务管理不规范问题中，属于部门本级的有360.59亿元。主要情况是：
1.9个部门多报多领财政资金1.76亿元。其中：通过多报本单位人员数量，多领财政资金2431万元，主要用于发放政策外补贴等；以已完工项目的名义，或者采取编造虚假项目、在不同项目中重复申报同一内容等方式，多获取财政专项资金1.52亿元。
2.18个部门挤占挪用财政资金和其他有专项用途的资金7.02亿元。其中：用于本单位办公楼等基建项目建设1.39亿元，用于日常经费开支和其他项目支出5.63亿元。
3.7个部门采取隐瞒收入、虚列支出等手段转移资金，私存私放3.6亿元。其中：在本单位私存私放、未纳入法定账册2.05亿元；将资金转移到所属单位或其他单位存放、供本单位使用1.55亿元。
4.12个部门年初预算未细化到具体项目和单位285.31亿元，造成10.37亿元预算资金当年无法使用。
审计发现部门所属单位违法违规问题42.44亿元，其中2005年新发生的2.47亿元，占5.8%；发现预算及财务管理不规范的问题297.99亿元，其中2005年新发生的36.2亿元，占12.1%。主要情况是：
1.6个部门所属的10个单位通过多报项目工作量、提高支出标准，或在不同项目中重复申报同一内容等，多获取财政专项资金1.06亿元。
2.20个部门所属的46个单位挤占挪用财政资金和其他有专项用途的资金11.91亿元。其中：用于对外拆借、投资等7.32亿元，用于日常经费开支和其他项目支出3.66亿元，用于发放政策外补贴等9 396万元。
3.14个部门所属的24个单位因管理不善等原因，造成国有资产损失和潜在损失19.73亿元。其中：委托中介机构从事证券交易造成损失和潜在损失9.23亿元；违反规定对外出借资金，或为获取高息在非银行金融机构存款，形成损失和潜在损失9.31亿元。此外，审计抽查9个部门所属的27个单位开办的46户企业发现，因监管不严，经营不善，到2005年底已有7户停业，20户亏损。
4.13个部门所属的20个单位采取隐瞒收入、虚列支出等手段转移资金，私存私放2.25亿元，主要用于单位日常经费开支等。
5.8个部门所属的48个单位违规收费和未严格执行“收支两条线”26.54亿元。其中：未经批准自定项目收费或超标准收费1.15亿元；收取的行政事业性收费、国有资本经营收益等未按规定上缴财政25.39亿元。
此外，审计还发现，3个部门所属的10个单位违规购建办公楼或培训中心，造成铺张浪费。
产生这些问题的主要原因：一是部门预算改革没有完全到位。一些中央部门尚未按要求建立起项目库实行滚动管理，使得年初预算难以细化到具体项目和单位，执行过程中随意性较大。二是预算编审机制不够健全。尚未建立起科学的支出标准和预算定额，一些资金的分配标准不统一、不透明，执行过程中监督检查不力。财政部对各部门和各主管部门对所属单位上报的预算审核不够全面、严格，缺乏深入调查和跟踪问责机制。三是内部财务管理有待进一步加强。有些单位依法理财意识不强，制度不健全、内控不严格。一些部门对所属单位疏于监管。
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