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国家科学技术部与上海市人民政府2006年部市工作会商会议11月2日在沪召开，对下一步推进“部市合作”各项工作进行认真研究和磋商，确定了下一步的合作重点。国家科技部部长徐冠华，中共上海市委代理书记、市长韩正出席会议并讲话。韩正在讲话时说，上海要全面落实、自觉实践科学发展观，按照胡锦涛总书记率先提高自主创新能力的要求，以“部市合作”为主要载体和重要契机，更好地承担国家重大任务、紧密服务国家战略，加快推进自主创新，提升城市创新能力。
科技部党组成员、纪检组长吴忠泽主持会议，上海市委副书记殷一璀，市委常委、常务副市长冯国勤，副市长严隽琪、杨定华出席会议。
徐冠华在讲话时说，上海市委、市政府对科技进步高度重视，科技进步工作站得高、看得远、动得早、抓得实，效率高，与科技部的合作工作得到有效落实，取得了显著成效。科技部将与上海继续扩大、深化重大科技项目的合作，希望上海进一步参与国家重大科技专项，为国家重大项目研究取得突破作贡献；继续扩大深化在科技环境建设方面的合作，推进科技研发公共服务平台的建设，探索政府与市场结合的平台运行机制，加强与公共技术服务相关的规范和法制建设；继续扩大深化科技体制改革，特别是在形成以企业为主体、产学研相结合的技术创新体系建设方面加强合作，突破机制体制瓶颈，力求取得成效。
韩正在讲话时说，“部市合作”建立两年多来，科技部和上海密切合作，在科技创新、体制创新等方面开展了一系列有益的探索，取得了显著成效。韩正指出，上海下一步一是要以“部市合作”为主要载体，紧密围绕国家中长期科技发展战略的实施，与科技部共同推进重大项目，积极争取更多国家重大专项落户上海；积极配合“国家队”，力争在一些技术上取得突破。二是要以“部市合作”为重要契机，推进自主创新，提升创新能力。重点聚焦国家战略、重大产业项目和创新基地，围绕“突破主体、强化核心、完善载体、营造环境”四个关键环节，抓落实，实现重点突破，在创新项目、创新机制的突破和创新政策的落实等方面进一步发挥好“部市合作”的示范带动作用。
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