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全面抗战爆发后，在异常艰苦的条件下，东北抗联各部队团结各族人民，坚持游击战争，继续在白山黑水之间同日、伪军进行了顽强的斗争。
1937年7月起，由杨靖宇、魏拯民等率领的抗联第一路军所属第一、第二军，在南满铁路沿线两侧地区积极开展游击战争，在半年多的时间里，共进行大小战斗几十次，歼灭大批日伪军，并在南满地区的广大农村建立了游击根据地。
1937年10月，东北抗日联军第二路军筹委会成立，周保中任第二路军总指挥，赵尚志任副总指挥，崔石泉任参谋长，下辖第四、第五、第七、第八、第十共五个军。年底，第二路军开始艰苦的反“讨伐”作战。根据中共吉东省委的决定，1938年7月，第二路军第四、第五军主力开始西征，试图与活动在南满的第一路军取得联系，进而沟通与关内的联系。他们沿途与尾追的敌人进行英勇战斗。
从1937年下半年到1938年，由李兆麟、冯仲云等领导的，活动在松花江下游两岸的抗联第三、第六、第九、第十一军，按照中共北满临时省委的决定，以一部坚持原地斗争，主力则分三批远征海伦，开辟新的游击区。远征部队历尽千辛万苦，克服重重困难，终于胜利完成任务。
东北抗日联军的英勇斗争，受到中共中央的高度评价。1938年11月5日，党的六届六中全会发出给杨靖宇为代表的东北抗日联军和东北同胞的致敬电，称颂东北抗联是“在冰天雪地与敌周旋七年多的不怕困苦艰难奋斗之模范”。
1939年，东北抗日游击战争进入极端困难的阶段。由于日军实行大规模的疯狂的军事“讨伐”和严密的经济封锁，使抗日联军的活动地区日益缩小，部队大部被迫转移到深山密林。冰天雪地，缺少粮食，部队常以树皮野果充饥，备受饥寒交迫之苦。
1939年10月，中共南满省委和第一路军决定将部队化整为零，分散活动。杨靖宇率400余人转战数月，1940年2月，陷入日军“讨伐”队重围，最后战斗到只身一人，壮烈牺牲。
1939年上半年，抗联第二路军总部和第五军遭到日军6000余人的轮番“讨伐”。中共吉东省委决定第二路军总部率直属警卫部队、第五军军部教导团及第一、第二师等部，分别向宝清、密山和穆棱、东宁方向转移。5、6月间，第五军及第二路军总部突出重围，分别到达宁安镜泊湖地区和宝清兰棒山后方基地。
1939年4月，东北抗日联军第三路军总指挥部成立，总指挥李兆麟，总政治委员冯仲云、金策，总参谋长许亨植，下辖第三、第六、第九、第十一军四个军。他们在黑龙江省北部十余个县境内，坚持游击战争，先后开辟朝阳山、阿荣镇、甘南等游击区。
由于日、伪军不断加强殖民统治和疯狂“讨伐”，再加上抗联没有建立巩固的抗日根据地，部队屡遭挫折。到1940年，各部队的活动更加困难。1月24日，中共吉东、北满临时省委代表周保中、冯仲云和赵尚志等在苏联伯力举行会议，决定采取逐渐收缩、保存实力的方针，将抗联三路军缩编成支队分散活动。
此后，东北抗日联军在极为艰苦的条件下，依靠汉、朝、蒙、回、鄂伦春、达斡尔等各族人民，继续战斗在白山黑水之间。到1940年冬，仅剩下不足2000人。抗联领导人周保中、李兆麟、冯仲云等经与苏联代表谈判，达成协议，将抗联部分部队转移到苏联境内进行休整。此后，抗联领导人继续派小股部队到北满地区和饶河一带，袭扰敌人，坚持斗争。
1945年8月，抗战胜利前夕，在苏联的抗日联军随苏军反攻而回到东北，并配合苏联红军展开对日作战。1945年10月，东北抗日联军改称东北人民自治军。
东北抗日联军所进行的抗日游击战争，其环境之艰苦，斗争之残酷，时间之长久，牺牲之壮烈，在中国革命的历史上是少有的。他们的英勇斗争，大量消耗和牵制了敌人，为全国抗日战争的坚持和胜利做出了不可磨灭的贡献。
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