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2006年是国家“十一五”规划的开局年，教育部72所直属高校自觉地以国家目标为追求，以全面提升教育教学质量为根本，以增强学科创新能力和社会服务能力为主线，在追求质量中稳定办学规模，在加快调整中逐步优化学科结构，取得了显著成果：
1.完成了“十五”期间“211工程”建设整体验收和“985工程”一期建设的总结，学科建设、队伍建设、研究水平、办学条件、成果应用、国际合作等都取得可喜成绩。
2.组织完成了对部分直属高校的巡视试点工作。为了进一步加强直属高校领导班子思想政治建设，促进直属高校的改革、发展和稳定，根据中纪委、中组部关于对直属高校开展巡视工作的意见，2006年教育部党组通过精心设计，周密组织，选择若干所高校开展了巡视试点工作。巡视试点工作起到了“定期检查、查找隐患、防范风险、健康发展”的作用，成为部党组在新时期指导高校工作的有效抓手。
3.以“大学创新与服务”为主题，成功举办了第三届中外大学校长论坛。100多位中外大学校长围绕21世纪创新型人才培养的模式与经验，以及大学科技创新、理论创新如何服务于经济建设和社会发展等问题展开了深入的交流探讨，使高校领导对如何培养创新人才，如何使大学成为国家知识创新的主力军、技术创新的重要方面军、科技成果转化的生力军有了更深的理解和认识。
4.成功组织实施了五批2006年高校领导赴海外培训项目。125位高校领导通过主题明确、方式灵活的海外培训，对发达国家高等教育发展状况和基本经验有了全面的了解，同时对如何将世界著名大学发展的先进经验应用于中国高等教育的实践等问题进行了比较深刻的思考，进一步提升和扩大了中国高等教育的国际地位和国际影响。
5.教育部、科技部联合召开了高校服务地方发展工作会议，总结交流了一批高水平大学服务地方发展工作的思路、经验和做法，认识上统一到“顶天”、“立地”，即不但为解决国民经济、社会发展全局性、关键性的问题作出自己的贡献，还要沉下心来，弯下腰去，紧密结合地方现代化建设的实际需要，充分利用在人才培养、学术研究、科技创新及成果转化等方面的优势，为区域经济社会发展及决策、创新体系建设、产业结构的调整、支柱企业的发展等方面提供强有力的智力、技术和人才支撑。
6.按照部党组“以服务求支持，以贡献求发展”的工作思路，以加强“共建”为平台，争取国家资源、整合校内资源、吸收社会资源，推进了共建模式的创新：不仅有“985”共建，还延伸到“211”共建；内容上不仅有全方位合作共建，还出现了专项研发平台的共建。“共建”已经成为教育部加强与地方政府及行业部门联系，体现高校服务功能与责任，进一步推动高校各项事业协调发展的重要举措。
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