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2006年1月6日赠台大熊猫选定国台办和国家林业局宣布16号、19号大熊猫“胜出”为赠台大熊猫，民众起名“团团”、“圆圆”。
1月20日2006年两岸春节包机两岸各6家航空公司各执行36个往返班次，总计72个往返班次。并于2月7日圆满结束。
4月中旬两岸经贸论坛14日两岸经贸论坛在北京举行，15日论坛闭幕并通过“共同建议”。中台办主任陈云林授权宣布大陆未来进一步“促进两岸交流合作、惠及台湾同胞的15项政策措施”。16日，国家旅游局、公安部和国务院台办等三部门联合发布《大陆居民赴台湾地区旅游管理办法》。
4月16日二度“胡连会”中共中央总书记胡锦涛与国民党荣誉主席连战举行二次“胡连会”，胡锦涛就推动两岸关系和平发展提出四点建议。
6月14日两岸就客运包机节日化和开办专案包机达共识经过海峡两岸航空运输交流委员会与台北市航空运输商业同业会多次协商，就两岸客运包机节日化和开办专案包机的技术性、业务性问题达成共识。经双方业务主管部门认可，这个安排自即日起实施。这意味着，两岸客运包机将从原来的春节包机扩大到清明、端午、中秋、春节四个主要民族传统节日期间的两岸包机。
7月10日2006年台胞青年千人夏令营“2006年台胞青年千人夏令营”10日晚在北京开营。来自台湾岛内、港澳、海外以及在大陆求学的1300多位台湾同学对于在6天中“有机会深入交流、认识彼此”。此次夏令营以“龙脉相传，青春中华”为主题，是2004、2005年以来全国台联第三次举办两岸最大规模青年学生交流活动。
9月7日闽台经济合作促进委员会成立闽台经济合作促进委员会7日在厦门成立，福建省委书记卢展工任名誉主任，福建省长黄小晶任主任。聘请何厚铧、张荣发、高清愿、郭台铭等港澳台以及东南亚知名人士27人担任顾问。
9月18日两党台商权益保障工作会谈国民党副主席江丙坤率团访京与中共中央台办副主任郑立中等人举行第二次两党台商权益保障工作会谈，会后达成十项共识。
9月27日台湾史上最庞大跨海进香团厦门谒祖24日，约6000名信众分别搭乘飞机、客轮转往厦门谒祖。27日，4300多人的台湾妈祖联谊会大型进香团与在大陆的2700百余名台商、台胞，以及当地民众、游客共1万余人聚集在位于福建莆田湄洲岛的妈祖祖庙，举行大型谒祖进香祭祀大典，为有史以来最大规模的台胞来大陆交流团。
10月16日两岸农业合作论坛16日两岸农业合作论坛在海南博鳌举行。全国政协主席贾庆林就进一步推进两岸农业交流与合作提出四点建议。国民党荣誉党主席连战指出，为提升两岸农业的竞争力，首先要突破“三通”的障碍。论坛并通过共同建议，大陆推出20项深化两岸农业合作的新措施。
10月30日海峡两岸医疗合作与交流论坛为期两天(30、31日)的“2006海峡两岸医疗合作与交流论坛”在京举行，论坛就进一步加强和深化海峡两岸医疗卫生合作与交流，提出七项共同建议。
11月6日李炷烽提“金厦和平特区”金门县长李炷烽提出，在“一国两制试验区”的架构下，成立“金厦和平特区”。
11月6日首届“海峡两岸法学论坛”首届“海峡两岸法学论坛”在京举行，海峡两岸150余位法学界知名学者、经济界、企业界与相关部门人士在此间出席首届“海峡两岸法学论坛”，讨论“两岸贸易与投资保护”。
11月11日“海峡两岸客家高峰论坛” 11日，海峡两岸客家高峰论坛在北京举行，来自大陆、台湾、香港的近200名各界客家菁英应邀与会。
12月4日两岸就大陆居民赴台游磋商并交换意见据海峡两岸旅游交流协会相关负责人介绍，近日，海峡两岸旅游交流协会与台湾海峡两岸观光旅游协会，就大陆居民赴台旅游事宜又进行了技术性磋商，双方就相互关心的问题交换了意见。
12月13日2007年两岸春节包机时间确定从2007年2月5日开始，包机运行时间为春节前后各14天。在此期间，双方各执行48个往返班次，共计96个航次，飞行航点和2006年的春节包机一样，即北京、上海、广州、厦门和台北、高雄。
12月13日海峡两岸大学校长论坛“海峡两岸大学校长论坛”在福州举办。经过一天半的研讨，为促进两岸高等教育的创新，与会的两岸大学校长达成了四点共识。
12月15日两岸青年论坛中国共产主义青年团与中国国民党青年团在北京共同举办两岸青年论坛，并发表四点共识。这是国共两党青年组织首次共同开展的交流活动，是两党交流领域的进一步拓展。
12月16日北京公布台胞捐资建设奥运情况北京市侨办主任乔卫表示，港澳台侨同胞捐资建设的2008年北京奥运场馆——国家游泳中心到位的捐赠资金目前已超6.5亿元人民币，其中来自台湾的捐赠金额约6000万人民币。
12月22日第三届京台环保科技交流会由台盟中央与北京市科学技术委员会共同举办的第三届京台环保科技交流会在北京举行，来自台湾环境工程技师工会的专家、学者、企业代表20余人，北京专家、企业代表60余人参会。
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