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在“外松内紧”的策略中，疫苗的作用被有关官员提到了前所未有的高度。
据《云南日报》报道，云南省副省长孔垂柱在高文斌养殖场发生疫情后表示，要“把强化免疫作为至关重要的环节，放在防控工作的首位，在(2005年)12月中旬以前使全省禽类实现100%免疫，不留死角”。农业部兽医局副局长李金祥则在一次新闻发布会上称，截止到2006年6月全国家禽平均免疫密度在98%以上。
但实际上，且不说100%，哪怕98%都是一个难以实现的目标。
据云南省兽医防疫总站站长宋学林介绍，100%免疫的目标只能在规模养殖户中实现，而很多散养户并未免疫。这样算下来，全省禽流感免疫率为80%多，其中经济发达地区有90%多，边远地区则低一些。
他说，有的村民不愿给家禽注射疫苗，比如担心家禽受惊，或者担心注射疫苗后由于个体差异造成家禽死亡；即使散养户都愿意注射疫苗，也缺乏疫苗注射的人力物力，“子弹问题解决了，还需要发射呀”。
不管怎样，随着中国推行强制免疫政策，禽流感疫苗已经成为一个规模可观的产业。那么，耗资数以亿元计的强制免疫究竟带来了怎样的效果？
国家禽流感参考实验室主任陈化兰在反击管轶等人的论文时曾说，其实验室的疫苗攻毒数据显示，现行疫苗对南方水禽的毒株提供的保护非常好，可以说是100%的保护。
但恐怕并不是每个地方注射的疫苗都如此有效。在云南楚雄州，2005年年底的春防禽流感病毒抗体合格率为93%，并未达到100%，2006年的秋防效果更是不甚理想。
在2006年的秋防中，楚雄州兽医站从省上定购了可同时预防禽流感和新城疫的二联疫苗。该疫苗前年年底由国家禽流感参考实验室研制成功。
但监测结果出来后，楚雄州兽医站副站长李朝仓吓了一跳：禽流感病毒抗体合格率只有14%，极少数养殖场的抗体合格率甚至为零。
无奈之下，楚雄州兽医站改用单苗(单独针对禽流感的疫苗)重新进行免疫，最终抗体合格率为72%。李朝仓说，据省上专家介绍，二联疫苗本身没有问题，问题可能在于养殖户没有遵守该疫苗的免疫程序等。
华南农业大学毕英佐教授表示，由于不了解楚雄此次疫苗事故的具体情形，很难做出针对性的评价。但他同时说，免疫并不是一针了事，其效果受到疫苗加工工艺、动物机体状况、注射操作水平等多种因素影响。
如果那批二联疫苗的确不存在质量问题，这次事故实际上暴露出动物卫生防疫体系中的薄弱环节之一：缺乏基层技术支持。
在中国动物卫生防疫体系中，最基层的是村兽医或者说村级防疫员，但村兽医的待遇低得可怜。“在这种情况下，我们经常得哄着村兽医去做(防疫)工作，很多村兽医主要靠公益心，”子午镇兽医站技术人员杨珂说，“还有吧，防疫针打得好的地方，动物疾病少了，兽医收入就会下降。所以一些兽医不那么负责任，可能拿着针筒比划一下，假装注射。”
缺乏技术支持、村兽医待遇低下不过是中国动物卫生体系漏洞的冰山一角。宋学林说：“兽医是农业战线最薄弱的一个环节，历史欠债太多，待遇低、设备差、技术水平低，虽然最近几年国家增加了投入，但远远不能补齐漏洞。”
楚雄州兽医站站长杨培昌则对兽医队伍的业务素质特别担忧：“州兽医站年龄老化，编制已满，没有新的毕业生进来。而县乡镇的机构改革中，很多不能做事的都被塞到兽医站。”
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