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2005年4月13日至20日，全国人大常委会副委员长路甬祥率全国人大代表团访问日本并出席各国议会联盟“东盟+中日韩三国小组会议”及全国人大和日本众议院合作委员会首次会议。
2005年4月17日至18日，日本外相町村信孝正式访华。
2005年4月23日，胡锦涛主席出席在印尼雅加达举行的亚非峰会时会见小泉首相，就发展中日关系提出5点主张。即：严格遵守《中日联合声明》等三个政治文件；坚持以史为鉴、面向未来；正确处理好台湾问题；坚持通过对话，平等协商，妥善处理中日之间的分歧；进一步加强在广泛领域的交流和合作，进一步加强民间友好往来，以增进相互了解，扩大共同利益，使中日关系健康稳定地向前发展。
2005年5月7日，李肇星外长在日本京都与日本外相町村信孝和韩国外交通商部长官潘基文举行中日韩三方委员会第三次会议。
2005年5月14日，中日第一次战略对话在北京举行。
2005年5月17日至23日，吴仪副总理赴日本出席爱知世博会中国馆日活动并顺访日本。
2005年5月21日，唐家璇国务委员会见日本自民党干事长武部勤和公明党干事长冬柴铁三一行。
2005年5月22日，胡锦涛主席会见日本自民党干事长武部勤和公明党干事长冬柴铁三一行。
2005年5月27日，李肇星外长在老挝首都万象出席东盟与中日韩外长会议。
2005年5月30日至31日，中日第二轮东海磋商在北京举行。
2005年6月23日至24日，中日第二次战略对话在东京举行。
2005年9月3日，胡锦涛主席出席纪念中国人民抗日战争暨世界反法西斯战争胜利60周年大会时发表重要讲话，其中全面阐述中国政府致力于发展中日关系的政策主张。
2005年9月30日至10月1日，中日第三轮东海磋商在东京举行。
2005年10月14日至17日，中日第三次战略对话在北京举行。
2005年10月17日，日本首相小泉纯一郎第五次参拜靖国神社，中方提出严正交涉。
2006年2月10日至11日，中日第四次战略对话在东京举行。
2006年2月21日至22日，“中日执政党交流机制”第一次会议在北京举行。
2006年3月6日至7日，中日第四轮东海磋商在北京举行。
2006年3月31日，胡锦涛主席会见日本日中友好七团体，就发展中日关系发表重要讲话。
2006年5月7日至9日，中日第五次战略对话在北京和贵州举行。
2006年5月18日，中日第五轮东海磋商在东京举行。
2006年5月23日，李肇星外长在多哈出席亚洲合作对话第五次外长会议期间会见日本外相麻生太郎。
2006年7月4日，胡锦涛主席会见来访的日本民主党党首小泽一郎。
2006年7月8日至9日，中日第六轮东海磋商在北京举行。
2006年7月27日，李肇星外长出席马来西亚首都吉隆坡东盟地区论坛外长会议期间与麻生外相再次举行会晤。
2006年8月15日，日本首相小泉纯一郎无视国际社会、亚洲邻国和日本人民的关切和反对，公然参拜靖国神社。中方提出严正交涉。
2006年10月2日，日本新任首相安倍晋三在国会众议院回答有关历史问题的质询时引用“村山谈话”说，日本的殖民统治和侵略给许多国家，特别是亚洲各国人民造成了巨大的损害和痛苦。
2006年10月8日至9日，日本首相安倍晋三对中国进行正式访问。
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