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2006年
9月20日，安倍晋三在自民党总裁选举中以464票的绝对优势当选新总裁。26日，他在众参两院指名选举中均获得过半数选票，当选第90任日本新首相。
9月29日，安倍在国会众议院全体会议上发表施政演说，强调在加强“自主外交”的同时，进一步巩固日美信赖关系，加强日本与中韩两国的信赖关系；进一步推进行政和教育改革，尽快修改宪法。
10月8日至9日，安倍应温家宝总理邀请，对中国进行正式访问。两国领导人就中日双方改善和加强两国关系的重要性达成了新的共识。中日关系打开持续五年的政治僵局，走上正常发展轨道。
10月10日，安倍在日本众议院预算委员会回答各党代表质询时表示，日本的无核三原则没有改变。
12月27日，日本行政改革担当大臣佐田玄一郎因政治资金丑闻宣布辞职。
2007年
1月9日，日本防卫厅正式升格为防卫省。安倍任命防卫厅长官久间章生为防卫大臣。
4月13日，日本国会众议院通过了旨在确定修改宪法程序的国民投票法案。5月14日，国会参议院也通过了该法案。
4月26日至27日，安倍访问美国，两国领导人就强化美日战略同盟关系、伊拉克战争、伊朗问题、朝核问题等诸多问题进行了讨论。安倍还就“慰安妇”问题道歉。
4月28日至5月2日，安倍先后访问了沙特阿拉伯、阿联酋、科威特、卡塔尔和埃及五国。
5月28日，日本农林水产大臣松冈利胜在东京自缢身亡。
6月30日，日本防卫大臣久间章生发表美国向日本投放原子弹是“无奈之举”的言论，7月3日被迫辞职。7月4日，安倍回答记者提问时表示，日本在不能原谅投放原子弹的问题上态度不变。
7月29日，自民党在日本国会参议院选举中遭到惨败，而最大的在野党民主党取得胜利，成为参议院第一大政党。
8月1日，农林水产大臣赤城德彦宣布辞职。此后，内阁官房长官和总务相相继曝出政治资金丑闻。
8月27日，安倍调整了自民党领导层并对内阁进行重大改组。
9月3日，农林水产大臣远藤武彦因资金丑闻而引咎辞职。随后，环境大臣鸭下一郎、新农林水产大臣若林正俊、总务大臣增田宽也相继曝出政治献金丑闻。
9月9日，安倍在澳大利亚悉尼表示，如果日本国会不批准延长《反恐特别措施法》，他将辞职。
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