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明天台湾将以“台、澎、金、马单独关税区”的名义成为世界贸易组织的正式成员。根据相关协议，在2002年或2004年，台湾须将100多种进口药品及医疗器材的关税降至零，但从大陆进口的部分中药材将课征关税，台湾市场上常见的中药材价格将上扬。
为了加入WTO，台湾“卫生署”药政处花了两年时间将台湾制药规范的优良药品制造标准GMP升级为现行优良药品制造标准cGMP，目前已有近百家台湾本土的药厂被淘汰。但经过这次改造后，大陆的药品将很难冲击台湾本土的制药业。“卫生署”药政处指出，大陆虽有6000多家药厂，但只有100家符合GMP标准，虽然少数几家样板药厂正在推动cGMP，但大陆西药在台湾法规严格把关下，对台湾制药界几乎构不成威胁。
不过，“卫生署”中医药委员会指出， 对一般市民而言，日常进补常用的中药材如当归等，“入世”后价格将会变贵。台湾的中药材95％依赖大陆，其中一部分常被用来食疗、进补的中药材，将比照农产品课税，税率是15％。
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