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水底考古学的萌芽可上溯到16世纪意大利人在海底探寻沉船。到了20世纪初期，水底的考古调查在世界各地进行，最有名的是在墨西哥奇琴伊察马雅文化遗址的“圣池”中寻找牺牲人和祭品，在突尼斯马赫迪耶港的海上探寻满载古希腊美术品的罗马沉船。但由于潜水条件的限制，调查时不能做精细的操作和记录。1943年发明了潜水肺，第二次世界大战后又改进了各方面的设备和条件，这才使真正的水底考古学得以成立。从60年代起,先是法国人在马赛附近海底发掘沉船,接着美国考古队在土耳其附近海底发掘希腊罗马时代和青铜时代晚期的沉船,不仅获得船中许多古物,而且还为研究古代造船术、航海术、海上交通和贸易提供了重要的新资料。水底考古学的对象从沉没物、沉船扩大到淹没于湖底、海中的都市和港市等的遗址，而勘察、发掘及摄影记录等的手段和方法也大为改善，使水底考古学以显著的速度不断取得成果。可以认为，水底考古学是田野考古学在水域的延伸。
除了以上所述各种主要的分支以外，考古学还可以按地区的不同而分为“欧洲考古学”、“埃及考古学”、“中国考古学”和“日本考古学”等各分支，而各地区的考古学则又可按时代等的不同而分为“古典考古学”(希腊罗马考古学)、“商周考古学”等等许多分支。
考古学与其他学科的关系考古学是一门涉及面极广的科学，与其他许多学科都有关系，必须得到这些学科的支持和协助，才能完成各项研究任务。
有关学科的种类与考古学有关的学科，大体上可以分为自然科学、工程技术科学和人文社会科学等三大方面。
在自然科学方面，自然地理学、地质学、气象学和生态学等学科，主要是协助研究遗址所在地区的地史和天然资源,从各个方面复原当时的自然环境。生物学(动物学和植物学)和体质人类学，主要是用以鉴定发掘出土的植物遗存、动物和人类的骨骸，并判定它们的年代。物理学和化学则应用于对遗迹的勘探，对遗物成份和性质的分析，并测定它们的年代。
在工程技术科学方面，建筑学和土木工程学应用于对遗址的发掘、测量、制图，对发掘出来的遗迹进行复原或在现场加以保存等。采矿冶金学、陶瓷学和染织学应用于对工场址、矿址、窑址等遗迹的考察，对铜器、铁器、陶瓷器、玻璃器、纺织品等遗物的分析和研究。造船学则专门应用于对发掘出来的造船工场遗址和船舶的遗物进行考察和研究。
在人文、社会科学方面，民族学、民俗学、语言学、人文地理学、社会学、宗教学、经济学、政治学和法学等，都是分别就遗迹和遗物所提供的有关各该学科的资料，进行研究和解释。美术史学和建筑史学主要是研究发掘出来的美术品和各种建筑物遗存，就其样式、风格、年代、建筑技术以及保存方面的问题，作出判断和说明。历史学除了为发掘出来的种种遗迹和遗物提供文献上的解释并帮助判断它们的年代以外，还广泛地就古代的政治组织、社会结构、经济制度以及涉及精神文化方面的各种问题提供文献上的资料，作出详细的说明，以补考古学在这些方面的欠缺和不足。
若干有关学科的举例这里只以地质学、植物学、动物学和体质人类学为例，进一步说明它们与考古学之间的密切关系。
地质学对考古学研究的最大贡献，是全面恢复第四纪的自然环境。根据第四纪地质学的研究,可以确认,早期人类所生存的更新世是地球上气候发生剧烈变化的时代。北半球高纬度、中纬度地区和低纬度地区的高山，在那时出现过大规模的冰川活动。冰川的扩进和退缩，形成了寒冷的冰期和温暖的间冰期，两者的多次交替导致海平面的大幅度升降、气候带的转移和动植物的迁徙或绝灭等一系列事件，这些都对早期人类体质的进化、文化的发展及居住范围的变化发生过极大的影响。因此，第四纪地质学的研究成果便成为旧石器时代考古研究的必不可少的依据。在地质学上，根据动物群的性质、堆积物的特点和其他环境变化的因素，更新世可划分为早期、中期和晚期，并可推定各期的绝对年代。这也就为旧石器时代考古学的分期奠定了基础。
地质学在一般考古学上的应用，主要是对岩石和矿物的鉴定。旧石器时代和新石器时代的大量石器，以及各个时代的许多石制品，其中包括宝石、半宝石等非金属矿物,都可用岩石切片的方法,用显微镜加以鉴定。这不仅能确认岩石和矿物的性质，而且可以推定它们的产地。
植物学在考古学上的应用相当广泛。在一般的遗址和墓葬中，最容易遇到的植物遗存是木材、纤维和种子，后者包括谷粒、果核和瓜菜籽等。通过对木材的鉴定，可以了解各种木器的材质，进而推定它们的制法和效用。通过对纤维的鉴定，可以了解纺织品的质料，进而探讨农业和纺织业的情形。通过对种子的鉴定，则可以了解农作物的品类，进而论证农业的发展水平和居民的生活条件。
植物学在考古学上的应用，还充分表现在孢子花粉的分析研究上。孢子花粉具有个体小、重量轻、质地坚、产量大、易于飞扬等特点，所以普遍在各处遗址的地层中大量存在，可采集并加以分析。通过对孢子花粉的鉴定,可以推断当时植物的种类;对各种孢子花粉的数量进行统计，可以了解当时的植被面貌。由于一定的植物种类要求一定的生态环境，所以通过对植被面貌的研究又可以进而推断当时的地理和气候等自然环境。例如，发现睡莲之类的水生植物的花粉，就说明当时附近有湖沼；发现大量云杉、冷杉之类的耐寒树木的花粉，则说明当时当地的气候寒湿等。随着时间的推移，植物界总是不断地由低级往高级、由简单到复杂而演变。因此，从不同地层中发现不同种类和不同组合的孢子花粉，还可以帮助考古工作者对地层层位的划分和核对。
不论是史前考古学，还是历史考古学，与动物学的关系都十分密切。从旧石器时代遗址发掘出来的动物骨骸,全属野生动物。动物群的特征、组合及更替,以及动物群中已绝灭的种类与现今仍生存的种类之间的比例统计，都有助于确定遗址的相对年代、划分地层和进行各遗址之间的对比研究。根据动物群中各种生态类型的特征及其分布，结合其他方面的有关资料，还可以分析出当时人类的居住环境和气候条件。
到了新石器时代，家畜在世界各地陆续出现。因此，各处遗址出土的兽骨可以作为研究家畜起源的最直接的依据。对新石器时代早期家畜的各种原始特征的研究，有助于了解人类最初是怎样认识自然和改造自然的。通过对世界各地区遗址出土兽骨的对比研究，还可以究明各种家畜饲养业在地域上的发展和传播，进而推定各地区之间的经济文化交流关系。
在新石器时代的遗址中，往往含有大量的兽骨；靠近水域的遗址，还有许多鱼类、贝类的遗骸。如果它们全属野生动物，便可说明渔猎经济仍占重要地位；如果它们以家畜为主，则又可说明已经进入了畜牧经济的阶段。如果野生动物与家畜兼而有之，则两者的数量比例可以作为判断狩猎经济与畜牧经济何者更为发达的标志。如果墓中随葬动物的遗骸及骨制品所用骨料不属本地区所产的动物，则可以据此推测当地居民与外地居民之间的交往和交换关系。对各个历史时代墓葬出土的动物和家畜遗骸的研究，也有助于进一步了解各该时代的农业和畜牧业的状况。
体质人类学在考古学上的应用，除了旧石器时代和新石器时代的史前考古学之外，还包括各个历史时代的考古学。从骨骸判定死者的年龄和性别，是体质人类学研究的基本项目之一。经过性别、年龄鉴定的墓葬中的人骨资料，便可成为探讨当时的丧葬习俗、婚姻制度和社会组织形态的重要线索；在新石器时代考古学上，这对研究原始氏族社会的发展和解体过程也有重要的意义。此外，对墓主人性别、年龄的鉴定，还有助于了解当时居民的劳动分工和某些特殊的习俗。分析同时代墓群中死者年龄的分布，还可以从一个侧面观察当时居民生活条件的优劣情况。
由于人类活体的外貌特征与骨骼的形态结构密切相关，所以可通过对古人骨骼的观察进行人种学的研究。结合考古学资料和古文献资料，研究古代各民族在体质上的关系，也是人类学研究的一个重要课题。虽然分析某处古遗址居民的人种类型不等于便能解决它们的族属问题，但对某民族的居民进行人种学研究也可为探索族源提供线索。研究不同时代不同地区的人骨资料，可以了解古代居民的体质演变及其分布的规律；而据体质上的多型性在同一遗址的出现，则可以了解有关当时迁徙和征战方面的问题。此外，根据骨骼病态学的研究，还可以了解古代的有关疾病和环境的状况。
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