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天津药物研究院发挥人才聚集，科研实力雄厚的优势，坚持原始创新和集成创新，大力开发自主知识产权产品，发明专利达到70余项，研究成果转化率达95%以上，为本市医药产业结构调整提供了强大的技术支撑。
国内外医药市场，抗生素始终占有重要地位。GCLE作为头孢类药物重要中间体，由于技术复杂，工艺难度大，一直被国外企业垄断，严重制约了我国头孢类药物的发展。药研院立足于自主创新，通过集成多项化学制药先进技术，打通了工艺路线，并与国外企业合作，引进部分先进技术，并经过再创新，取得了重大工艺突破，率先在国内研制成功，达到国际先进水平，成本降低约三分之一，产品成功出口到国外。
该成果打破了日本产品的垄断，填补了国内空白，更重要的是为我国头孢类药物的研发与生产开辟了一个重要的原料来源。在第三代、第四代头孢类药物创新上，GCLE显示出明显优势，大大缩短了我国在该类药物的研发与生产和国际先进水平的差距，并成功消化了国内产能过剩的青霉素原料，为上游产品提供了很好的出口，带动了上游产业的发展。随后，以GCLE及下游产品头孢地尼为主要产品组建了津康制药公司，填补了本市在头孢类药物生产领域的空白，完善了本市的医药产业布局。
大力开发自主知识产权产品，不断提高核心竞争力。阿德福韦是新一代核苷类抗乙肝病毒新药，临床疗效好，国内急需。国外跨国公司为垄断市场，申请了原料药晶型专利并得到授权，使国内众多研制单位止步于此。为打破国外专利封锁，给国内广大乙肝患者提供一个可以买得起的抗乙肝病毒新药，院合成制药部在院基金、市科技攻关项目支持下，经刻苦攻关，终于研制成功具有自主知识产权的原料药新晶型，并申请了发明专利。目前，该产品已先于国外产品投产，并实现销售收入1200多万元。该院实施企业知识产权战略，建立健全了专利管理规章和专利成果奖励制度，激发了科研人员发明创造的积极性。在新药的研发过程中，对自主开发的创新产品、创新技术及时申请专利，以专利权来保护自主创新成果，专利申请量每年成倍增加，发明专利由过去的5项激增到70余项。2005年度，完成的33项发明专利申请中，4项为代表原始创新成果的基本发明专利，29项为以集成创新为标志的组合发明专利。
为确保在竞争中立于不败之地，药研院不断加大对原始创新的支持力度，在化学药物原始创新研究方面，坚持开展药物设计、化学合成药、天然药物研究，先后承担“计算机辅助设计新型抗生素先导化合物的寻找”、“抗病毒药物的虚拟筛选”等多项国家、天津市新药研究基金项目，研究工作已取得重要进展。在抗感染新药研究领域，筛选出PDF抑制剂、恶唑烷系列活性化合物；在天然药物研究领域，以天然活成分为先导化合物进行结构改造，筛选出了GC酸系列、HQ甙系列活性化合物，上述化合物已申请发明专利，并将陆续进入开发阶段。此外，还开发出丹参酚酸、胡黄连总苷、黄芪甲苷等一系列现代中药新药。
加强产研结合是自主创新的基石，近年来，药研院加强与本市医药企业产学研合作，合作项目达106项。其中，转让的重大新产品GCLE及头孢地尼、盐酸头孢吡肟、丹参酚酸粉针剂、胡黄连胶囊、阿加曲班等将成为本市医药企业新的经济增长点；此外，还为市属医药企业提供了数十项药学、临床前药理、药代、安全性评价技术服务研究，为本市医药行业产品结构调整和技术进步做出了重要贡献。
在创新体系建设方面，药研院积极培养引进高水平的创新研究人才，确保创新研究队伍的相对稳定，高素质人才比例显著增加。新增中国工程院院士1人；新增博士研究生6人，其中留学归国博士1人。新增硕士研究生14人，另有18人在职攻读硕士学位。以院为依托组建了“天津市新药科学中心”；以院评价中心为基础建立了“省部共建国家重点实验室培育基地”，博士后科研工作站也完成建站工作。承担的“天津市新药安全性评价中心”建设项目被列为市科技创新专项资金项目。该中心的建设，成为本市新药创新体系的一个重要技术平台，大幅提升了本市新药创新能力和本院的技术服务能力，形成了现代医药产业的完整链条，填补了本市药物安全性评价领域的空白，为本市现代医药产业的发展提供了有力的技术支撑。
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