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1911年10月10日，孙中山领导的同盟会在武昌发动武装起义，辛亥革命爆发。1912年1月1日，孙中山在南京原两江总督署就任临时大总统，宣告中华民国成立。
孙中山力图在中国推行资产阶级民主共和国制度，在立法建制方面做了大量工作。4月1日，孙中山交出总统大印，3日告别南京。5日，袁世凯操纵临时参议院“议决”迁都北京。南京作为民国开基的国都，只短短93天。这93天，标志着走资产阶级民主共和之路的尝试终于失败了。
袁世凯迁都北京之后，作为江南富庶之区政治中心的江宁(当时已废南京府，重置为江宁县)为各派系军阀纷争之地。1913年9月，张勋“辫子军”占据江宁城，令全城重新挂出清王朝的龙旗，为日后“张勋复辟”吹响了前奏曲。而后南京几度易手，以直系军阀盘踞最久。这一时期，秩序混乱，发展停滞，城市处在低落时期。
1927年4月18日，蒋介石就在南京成立国民政府，宣布“奠都南京”。南京被划为特别市，先直属国民政府，后来直属行政院。“一·二八”淞沪之战和八年抗战中，曾两次迁都，前一次迁洛阳为“行都”，第二次迁重庆为“陪都”，南京作为民国法定首都的地位不改。
1929年，国民政府聘用美国建筑师墨菲、古力治制订了国内第一个用现代科学技术制订的城市规划——《首都计划》，并且按计划开始了对南京城的建设和改造。所修建的主干道网，半个多世纪里构成城区的交通骨架；沿干道建起的一批公共建筑，都出自国内外著名建筑师之手，形成了中西合璧的一代建筑风格，布局舒展，气度恢宏；城中偏西部权贵聚居的“新住宅区”，建起了1700多处花园洋房，流派、风格各异，有“建筑博物馆”之称。南京城市面貌有了显著变化。
1931年，“九一八”事变爆发，11月上海沦陷。日本集中上海派遣军和第十军兵力，编成华中派遣军，分三路直逼南京。12月7日，日军先头部队到达紫金山一线，中国军队奋勇抗击。13日凌晨，日军从中华门、光华门、中山门三路攻进城内，进行了连续6个星期的血腥大屠杀。旅居南京的外侨设立了国际安全区，收容了20万中国难民，并组成一个以德侨拉贝为首的“南京安全区国际委员会”，力求能保护难民。但无论他们怎么冒着危险与日军抗争，“安全区”也无法阻挡日军这个“兽类的集团”吞噬生命。南京大屠杀，有30万以上中国人民被杀害，全城三分之一以上的房屋遭焚毁，数量超过13万间。
八年抗战，中国人民终于赢得了百年近代史上反侵略战争第一次的最终胜利。1945年8月15日，日本承认战败，宣布无条件投降。
1949年4月，中国人民解放军“百万雄师过大江”。在南京总统府的总统办公室里，日历就定格在了1949年4月22日这一天。
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