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秦淮河流域哺育出南京最早的文明。南京地区最早的人类活动，目前已经可以追溯到50万年以前。1993年，在距离南京市区27公里的江宁区汤山镇葫芦洞，发现两具猿人头骨化石，经测定，其中的一具绝对年代为距今50万年左右，已正式命名为“南京人”。
大约相当于中原商、周时代，秦淮河流域出现了青铜文化——湖熟文化，与太湖流域的吴越文化核心区发生交往，而融入了长江下游的吴越文化圈。
“湖熟文化”的南京先民，用辛勤的劳动开拓了南京最早的“粮仓”——秦淮河流域。随后就在原始村落密集的秦淮河两岸，出现了南京地区最早的古城邑。公元前6世纪，江南有吴国建立的固城，地址位于今高淳县固城湖畔；江北有楚国建立的棠邑，地址在今六合区六城镇城西北。
公元前472年，越国在新占领的吴地，今南京城南秦淮河畔长千里筑越城。这是南京主城区建城的开端，现已湮没无存。不久，楚国灭越国，尽取吴国故地。公元前333年，在“临江控淮”的石头山(今清凉山)建金陵邑。这是南京得名金陵的由来。
春秋末年，吴王夫差在今南京市朝天宫的山岗上筑“冶城”，作为冶炼铜、铁，铸造兵器的场所。从南京地区出土的“吴戈”、“吴钩”和齿镰、锄、锸等兵器、农具来看，春秋末年南京地区的冶炼技术和农业技术，已经达到了比较高的水平。
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