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微震集中在巫山-秭归-长阳一带，目前处于正常状态。国家已安排40亿元治理三峡库区地质灾害，目前正在追加资金。
国家计划到2010年投资392.2亿元治理库区水源污染，湖北有8个县在规划区域内。
报告显示，三峡蓄水后，库湾及支流回水区多次出现水华现象(藻类过度繁殖)，库区的微震活动频度明显增加，但不会对三峡工程造成威胁。
据不完全统计，三峡在135米蓄水过程中和蓄水后局部时段，香溪河等12条支流出现不同程度的水华现象。
监测表明，2004年库区支流累计发生水华6起，2005年累计发生水华19起，2006年仅2-3月，就累计发生水华10余次，支流库湾水华呈现加重、扩大的趋势。其原因是，三峡蓄水后，回水区水流减缓，严重的只有1.2厘米/秒，几乎不再流动，引起扩散能力减弱，使库周围近岸水域及库湾水体纳污能力下降。
此外，报告指出，2003年三峡水库蓄水以来，三峡地区微震活动频度明显增加，主要集中在巫山-秭归-长阳一带，强度仍然维持在较低水平，未突破正常状态，不会对三峡水利枢纽和三峡地区的人民生命财产构成威胁，但岸边松散堆积物塌岸和局部滑移也会危及部分居民点的安全。
目前，三峡库区共有各类崩塌、滑坡体4719处，其中627处受水库蓄水影响，863处在移民迁建区。
自1997年以来，国家先后投资5700万元，建立了三峡工程诱发地震监测系统，其中包括24台数字地震台、8套流动地震仪、3个GPS基准站、8口观测井和1个监测总站等。
报告还显示，2002年，国家还专门安排40亿元，用于三峡库区二期(蓄水位)地质灾害治理，目前正在追加资金。
对于库区水源污染问题，国家计划到2010年将投资392.2亿元，用于三峡库区的污染防治，规划涉及区域79湾平方公里，总人口1.54亿，湖北有8个县在规划区域内。
据悉，在392.2亿元中，城镇污水处理厂项目将投资216.5亿元，城镇生活垃圾处理场投资77.5亿元，工业污染源治理投资24.8亿元，生态保护工程投资44.7亿元，基础建设投资7亿元，船舶污染治理投资14.7亿元。
按规划，如果治污进行顺利，到2010年，三峡库区及其上游主要控制水面的水质将达到2类水质标准。
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