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《瞭望》新闻周刊刊登文章指出，目前中国从上到下，干部民众，越来越多地从法治角度去理解和评判社会深刻变化、体制急剧转型和利益深度分化。但审判目前仍受到许多人为的干扰，审判独立是正途。
一位基层法院院长说：“有一次，县委书记向我打招呼，要法院对一个刑事案件判决轻一点，理由是为了保证地方经济的发展；我不能不听，钱袋子都掌握在党委政府手里，不听的话，会影响法院整体利益。”有些基层法院工作人员认为，法院应该垂直管理，彻底摆脱地方保护主义的干扰，这样才能保证司法公正。
著名法学家江平认为，法院垂直管理不一定是最好的模式，因为法官的孩子在地方上学、家人在地方工作，地方上要干扰还是照样可以干扰。现阶段法院的改革，应该着力在提高法官审判水平和增强审判透明度，比如中级及其以上法院的判决书都应上互联网，只有增强透明度，才能够促使法官廉洁。
北京大学法学院院长朱苏力说，法院不能像检察院一样变成上下领导关系，五四宪法确立的上下级法院的指导关系，以及由人大任命法官的制度，凝聚着第一代领导人的智慧。目前需要改革的是通过建立制度，确保法官独立审判，一是法官不能太年轻化，因为法官不仅需要丰富的法学知识，也需要丰富的生活阅历，要推迟法官退休年龄，法官退休年限可以放宽到65岁，尤其是法官紧缺的中西部年限可以推迟到70岁。二是法官独立审判要有职位保障，法官不能像行政机关一样，可以随意平调，挪位置。
中国宪法学会副会长林来梵认为，垂直是行政系统的特点，法院垂直管理后带来的问题，可能会使目前的二级终审制变成一级终审制，会侵犯当事人的审级权利。目前法院的经费都是来自于地方，使得地方行政机关与法院关系过于密切。解决这个问题的思路，是法院的设置应该使司法管辖区和行政管辖区交错。
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