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造成上述问题的原因主要是，行政管理体制改革尚未完全到位，行政职能界定不清，对部门行使权力的监督不到位；部门所属单位的管理体制和运行机制没有完全理顺，许多所属单位离开部门的资金、政策支持和权力影响很难生存，有的部门还通过所属单位谋取自身利益；政府机构改革过程中，所属单位成为消化部门分流人员的重要途径。
对上述问题，国务院已责成有关部门研究提出解决措施。
六、财政专项审计和审计调查情况
(一)社会保险基金审计情况。
根据国务院的部署，审计署组织对29个省本级和省会城市、5个计划单列市的企业职工基本养老保险基金、城镇职工基本医疗保险基金和失业保险基金进行了审计，并延伸了部分城市。这些省市本级2005年三项基金收入3128.46亿元、支出2203.14亿元，分别占全国三项基金当年收支总额的50.7%和46.5%；至年底累计结余2918亿元。从审计情况看，地方各级党委、政府高度重视社会保障工作，能够认真执行国务院关于保险基金征缴、支付和管理的有关规定，在规范筹资机制、保证基金按时足额发放、加强管理和监督等方面做了大量工作，社会保险基金管理的总体情况较好，但还存在一些问题。
审计发现1999年及以前发生的违法违规问题23.47亿元，大多是涉及保险基金安全和完整的问题。由于当时三项保险基金财务会计制度尚不健全，一些地方为保值增值，出借和投资了一部分基金；有些社保机构动用部分基金购建了办公楼或其他房产。这些问题虽经有关部门查处，但部分基金至今不能收回。
审计发现2000年以来发生的违法违规问题47.88亿元，主要是：用于弥补“补充医保基金”及借给企业等16.69亿元；用于委托金融机构贷款、对外投资等5.44亿元；用于购建办公用房及弥补行政经费等3200万元；未按规定实行专户管理23.37亿元。
有关地方政府针对审计查出的问题制定了整改措施，已偿还被挤占挪用的基金15亿元。审计署已向社会公告该项审计结果。
(二)天然林资源保护工程资金审计情况。
国务院确定从2000至2010年在17个省(区、市)实施天然林资源保护工程，规划投资962亿元。这次审计的8省(区)2004至2006年天保工程计划投资159.7亿元，截至2006年6月实际到位资金143.4亿元。审计资金总额49.3亿元，占8省(区)实际到位资金的34.4%。从审计情况看，8省(区)天保工程建设总体进展顺利，公益林建设任务和森林资源管护责任基本落实，森林采伐量得到有效控制，森工企业富余职工安置任务总体完成。审计共查出虚报冒领、挪用滞留等违规问题1.3亿元，占审计资金总额的2.7%。
国家林业局和有关地方政府对天保工程资金审计发现的问题十分重视。国家林业局提出开展天保工程实施情况大检查、进一步完善规章制度、加大对各地整改工作的督办力度等7项措施，各地已纠正违法违规问题5093万元。审计署已向社会公告该项审计结果。
(三)三峡水利枢纽工程和三峡库区移民资金审计情况。
截至2005年底，三峡水利枢纽工程累计筹集资金1220.31亿元，实际完成投资642亿元(不含移民工程)。这次审计的重点是资金管理、工程建设和综合效益等情况。从审计情况看，国家有关部门、三峡总公司和各参建单位认真贯彻落实党中央、国务院的决策和部署，克服工程建设周期长、任务重、技术复杂等困难，加强工程建设管理，不断探索创新，保证了工程建设顺利进行。资金管理使用总体较好，未发现挪用和严重侵占建设资金的问题，三峡基金做到了专款专用。
这次审计发现的问题主要是：一些中小合同项目没有严格执行招投标制度，部分单项工程监理工作比较薄弱，未严格落实工程质量事故责任追究制度。抽查48个金额1000万元左右的中小合同发现，有21个未招标，涉及金额3.13亿元，占应招标金额的51%；抽查合同金额为53.01亿元的部分工程发现，施工单位违规转分包8.65亿元，收取管理费5345万元；抽查6家监理单位的1448名监理人员发现，有740人没有监理资质。此外，还查出结算管理和合同管理不够严格增加建设成本4.88亿元等问题。
对这些问题，三峡总公司和有关参建单位正在积极整改，已完善了三峡工程招投标、合同、采购、监理、质量、结算等管理制度，并纠正违法违规问题1.39亿元。
三峡库区移民搬迁安置工作规划2009年完成。截至2005年底，国家已累计投入三峡移民资金510亿元，完成搬迁移民111.32万人，占规划任务的98.5%。审计重点检查了湖北省、重庆市本级及其所属10个区(县)移民资金管理使用、移民安置和后期扶持等情况。从审计情况看，移民搬迁安置资金能够及时下拨，补偿款能够按照国家规定的标准发放给移民户和个人，资金管理使用情况总体较好。这次审计发现的问题是：一些部门单位违规使用、虚报多得移民补偿和政策性补助资金2.89亿元，主要用于非移民项目建设、行政经费开支、平衡预算等；移民培训费支出结构不合理，移民技能培训支出占比较低；部分移民后期扶持项目实施缓慢。这次审计还移送涉嫌违法犯罪案件线索5起。
针对移民资金审计发现的问题，三峡办成立了整改工作检查指导组，大部分问题已纠正。审计署已向社会公告该项审计结果。
(四)收费公路审计调查情况。
这次审计调查的北京、河北等18省(市)收费公路总里程8.68万公里，占这些省(市)收费公路总里程的65%，占全国的45%。从审计调查情况看，“贷款修路、收费还贷”政策的实施，对加快公路建设，促进经济社会全面发展发挥了重要作用。审计调查发现，收费公路的建设、运营和管理存在一些问题。
一是一些地方过度依赖贷款建设收费公路，债务负担偏重。“十五”期间，除北京和上海外，16省(市)新增的二级以上公路，有67%为收费公路，截至2005年底，云南、四川、黑龙江、重庆4省(市)的收费公路占二级以上公路的比例均超过了80%。这些收费公路的投资中，银行贷款等债务性资金占较高比例，如浙江、河南等10省(市)“十五”期间的收费公路投资共6400多亿元，其中有4700多亿元为贷款等债务性资金，占73%。大量贷款使收费公路债务负担偏重。截至2005年底，18省(市)收费公路银行贷款余额高达8000多亿元。
二是部分公路违规收费，增加社会负担。审计调查发现，16省(市)在100条(段)公路上违规设置收费站158个，截至2005年底违规收取通行费149亿元；7省(市)提高收费标准，多征收通行费82亿多元；12省(市)的35条经营性公路，由于批准收费期限过长，获取的通行费收入高出投资成本数倍乃至10倍以上，成为“高价公路”，按地方政府核定的收费期限和2005年的收费水平测算，将增加一定的社会负担。
三是部分收费公路经营权转让不规范，造成国有资产重大损失。审计抽查10省(市)106个公路经营权转让项目发现，地方政府越权和违规审批的项目有64个，占60%；部分转让资金来源不合规，18个转让项目获取的243亿元资金中，有170亿元是受让方用被转让公路作质押获取的银行贷款支付的，占70%；一些项目招投标流于形式，不经评估或压低转让价格，造成国有资产损失。如安徽省于2003年以邀请招标的方式，违规压低评估价格，将合肥—巢湖—芜湖高速公路的经营权转让给上海一民营企业，2005年底又高价回购，一出一进，损失资金12.4亿元。这次审计调查共发现涉嫌违法犯罪案件线索13起，已移送有关部门查处。
对审计调查发现的问题，有关地方正在积极整改。
七、其他财政收支审计情况
(一)3家股份制银行资产负债损益审计情况。
对中国银行股份有限公司、交通银行股份有限公司和招商银行股份有限公司总行及部分分支机构2005年资产负债损益情况的审计结果表明，3家银行通过股份制改革，公司治理结构不断完善，经营管理水平进一步提高，较好地实现了资产规模、质量、效益的协调发展。这次审计共查出各类违法违规问题155.61亿元，主要有：
一是房地产信贷业务存在较多问题。审计发现这方面的违法违规问题51亿元。一些银行分支机构未严格执行国家房地产信贷政策，审核把关不严，有的违规向不符合贷款条件的房地产企业发放贷款，有的违规向土地储备机构发放土地储备贷款，有的发放虚假个人按揭贷款，或擅自放宽贷款条件，违规提供“优惠”按揭贷款。一些房地产商采取虚假按揭、虚增注册资本或虚抬房价等手段套取贷款，有的甚至利用贷款资金囤积土地。还有一些单位通过委托贷款业务，将信贷资金或其他不能用于借贷的资金违规投入房地产市场，如上海市国有资产经营有限公司将从招商银行上海静安寺支行取得的年利率为5.022%的流动资金贷款2.9亿元，以委托贷款的方式，按8%的年利率转贷给了房地产开发公司。
二是结算业务违规问题比较普遍。审计发现这方面的违规问题21.5亿元。一些银行分支机构为争夺客户和存款，未严格按规定办理开立账户、大额提现和汇款转账等业务，给一些单位和个人虚假验资、违规套现和账外存放资金等提供了便利。有的银行分支机构在办理结汇业务中把关不严，使得一些企业和个人得以通过频繁小额结汇等手段逃避外汇监管。
三是金融领域的违法犯罪问题仍时有发生。这次审计发现各类涉嫌违法犯罪案件线索37起，涉案金额102.49亿元，涉案责任人55名。
此外，审计还查出会计核算不实问题9亿元，私设“小金库”3.29亿元。
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