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各部门、单位在做好2006年度中央预算执行和其他财政收支工作的同时，对2005年审计发现的问题已认真整改，并根据审计建议完善制度规定121项。审计发现的106起重大违法犯罪案件线索移送司法机关和纪检监察部门查处后，有94人被逮捕、起诉或判刑，177人受到党纪政纪处分。
三九集团原法定代表人
赵新先被立案查处
对三九企业集团等8家中央企业领导人员的经济责任审计，检查资产总额2916亿元，占这些企业账面资产总额的63%。三九企业集团原法定代表人赵新先因涉嫌经济犯罪被立案查处，其他7家企业的领导人员未发现有个人经济问题。
审计结果表明，这些企业领导人员在任职期间，大多数都能够认真履行职责，积极加强管理，不断深化改革，但这些企业在经营管理方面仍存在一些问题。
整改措施：各企业高度重视审计发现的问题，从完善内部控制、健全经营机制等方面制定了整改措施，已完善制度规定79项。
社保基金违规达47.88亿
审计署组织对29个省本级和省会城市、5个计划单列市的企业职工基本养老保险基金、城镇职工基本医疗保险基金和失业保险基金进行了审计，并延伸了部分城市。
审计发现2000年以来发生的违法违规问题47.88亿元，主要是：用于弥补“补充医保基金”及借给企业等16.69亿元；用于委托金融机构贷款、对外投资等5.44亿元；用于购建办公用房及弥补行政经费等3200万元；未按规定实行专户管理23.37亿元。
整改措施：有关地方政府针对审计查出的问题制定了整改措施，已偿还被挤占挪用的基金15亿元。
三峡移民款违规多得2.89亿
三峡库区移民搬迁安置工作规划2009年完成。这次审计发现的问题是：一些部门单位违规使用、虚报多得移民补偿和政策性补助资金2.89亿元，主要用于非移民项目建设、行政经费开支、平衡预算等；移民培训费支出结构不合理，移民技能培训支出占比较低；部分移民后期扶持项目实施缓慢。这次审计还移送涉嫌违法犯罪案件线索5起。
整改措施：针对移民资金审计发现的问题，三峡办成立了整改工作检查指导组，大部分问题已纠正。
百条公路违规收费149亿
这次审计调查的北京、河北等18省(市)收费公路总里程8.68万公里，占这些省(市)收费公路总里程的65%，占全国的45%。从审计调查情况看，部分公路违规收费，增加社会负担。审计调查发现，16省(市)在100条(段)公路上违规设置收费站158个，截至2005年底违规收取通行费149亿元；7省(市)提高收费标准，多征收通行费82亿多元；12省(市)的35条经营性公路，由于批准收费期限过长，获取的通行费收入高出投资成本数倍乃至10倍以上，成为“高价公路”。
整改措施：对审计调查发现的问题，有关地方正在积极整改。
-新闻分析
从审计报告看中央依法理财决心
与以往报告相比，今年的审计报告评价更为客观，结构更加严谨，内容更加丰富。从报告中不难看出，中央政府依法行政、依法理财的决心和能力。
今年报告在反映审计情况时，注意首先用较多的篇幅、较为全面地表述基本概况，以便于完整反映中央预算执行及每项资金管理使用的全貌；在揭示问题时，注意把审计事项和发现的主要问题放在整个中央预算执行的大背景下进行考察和审视，揭示普遍性、倾向性的问题，以便实事求是、客观地做出分析和评价。这样从总体上集中反映问题，有利于引起重视，促进更好地研究和解决这些共性问题，提高中央预算管理的整体水平。
从近年来审计情况看，查出的很多问题实质是体制机制上的问题，是由于体制机制不完善造成的。为了适应客观形势的这一要求，审计报告注重反映了一些体制机制上的问题。如报告反映的“财政部、税务总局批准6户金融保险企业，用工效挂钩办法核定的职工工资作为企业所得税纳税扣除额，致使这些企业纳税工资扣除额大大高于未实行这种办法的企业，减少了企业所得税”的问题，并不属于违反税法等法律的规定，但这一做法，客观上“有悖公平税负原则，也不利于发挥税收调节行业收入分配的作用”，是属于合法不合理的问题。
关注民生是审计工作贯彻落实中央方针政策的具体体现。这在今年的审计报告中得到了较好的体现。如社会保险基金、天然林资源保护工程资金、三峡库区移民资金等都涉及人民群众的切身利益。
为宏观调控服务是审计监督的职责所在。今年的审计工作报告着眼于宏观调控政策是否得到执行和落实，将这方面存在的突出问题作为反映的重点。如对18省(市)收费公路的调查，在肯定“贷款修路、收费还贷”政策的作用的同时，反映了收费公路的建设、运营和管理存在的问题。审计情况为促进国家进一步完善政策制度，加强宏观调控和管理提供了可资参考的依据。
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