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国务院十余个部委组成的跨部门医改协调小组，在数次部际协调会议之后，有望形成医改的初步原则和思路。
按照目前的初步思路，以公益性为原则，以政事分开、管办分离为核心思路的医改方案或将对目前医疗卫生体制中的四大体系、八大体制机制作出调整。
四大体系指医疗卫生投入体系、医疗服务体系、医疗保障体系及药品流通体系；而八大体制机制则指医疗卫生管理体制、运行机制、投入体制、价格形成机制及监管、人才、信息、法律体制等。
上述思路目前还只处于讨论阶段。根据医改小组的安排，医改方案还将在各部委协调讨论的基础上，于8月底形成整体方案上报国务院讨论。有关人士称，某些问题目前尚存分歧，最终的医改方案可能将于年底前出台。
由于医改总体方案形成的是大原则和思路，更为具体的操作细节则需要由相关的配套措施来规范实施。
这些配套措施将包括：国家基本药物制度、政府投入机制、价格形成机制、公立医院运行机制有关规定、鼓励社会资本进入医疗领域的有关规定等。
多年来，我国医疗体制改革备受诟病，一个根本的原因就在于政府投入不足，同时由于社会资本进入医疗领域门槛过高，公立医院医疗机构占到全国医院医疗资源的90%以上，造成现在医疗资源供给短缺。
数据显示，截止到2006年底，我国每千人医院床位数和医生数分别达2.49和1.55人，居发展中国家的中上水平。但政府投入却明显不足，个人负担过重。至2005年，我国卫生总费用为8660亿元，其中政府投入仅占18%，社会投入占30%，个人投入占52%，而国际上政府投资则一般达到50%左右。
在本次医改讨论中，如何加大政府投入，把财政补贴到更需要的地方成为医改的关注焦点。
于去年9月成立的跨部门医改小组，于今年5月底对由八家中立机构提供的八套平行方案进行了评审。尽管医改小组并未就八套方案发表公开看法，但一位小组成员会后表示，八套方案争议的焦点仍在于医改到底是“补供方”还是“补需方”。
以国务院发展研究中心和北大为代表的方案主张“补供方”，即通过加大对公立医院的财政补贴，包括对医务人员的制度安排，避免其营利性的工作动机，回归公立医院的公益性质，从而保障大众从公益性医院中获得免费或低费用的基本医疗服务。
但更多方案还是倾向于“补需方”。此种观点认为，医疗服务不应该完全依靠公共卫生机构，医疗服务不再是免费的，而要由市场定价，以此引导医疗机构为赢得“客户”而进行竞争，从而提高服务质量，降低价格。
此前的7月24日，国务院公布了《关于开展城镇居民基本医疗保险试点的指导意见》，提出到2010年实现基本医疗保险覆盖全部城镇非从业居民，财政将适当给予补贴。这是在新型农村合作医疗之后，财政再度增加投入，对作为医疗卫生服务需求方提供补贴，以此增强居民对医疗服务的支付能力。
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