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上海合作组织迄今已基本完成机制建设任务，建立起涵盖不同层次、涉及众多领域的较完善的机构体系，为自身发挥职能和作用奠定了坚实基础。
(图表来源：上海合作组织秘书处网站)
(一)目前已建立国家元首、总理、总检察长、安全会议秘书、外交部长、国防部长、经贸部长、文化部长、交通部长、紧急救灾部门领导人、国家协调员等会议机制。每个会议机制的运作，均有相应的文件予以规范。
国家元首理事会是最高领导机构。负责研究、确定上海合作组织合作与活动的战略、优先领域和基本方向，通过重要文件。元首例行会议每年举行一次，通常由成员国按国名俄文字母顺序轮流举办。举行例行会议的国家为本组织主席国。上海合作组织迄今共举行了5次元首会议，分别于2001年6月在上海、2002年6月在圣彼得堡、2003年5月在莫斯科、2004年6月在塔什干、2005年7月在阿斯塔纳举行。[>>>历届峰会回顾]
(二)上海合作组织目前设有两个常设机构——秘书处和地区反恐怖机构。
上海合作组织秘书处设在北京，2004年1月正式启动。
秘书处是组织的常设行政机构，为组织框架内的活动提供行政、技术和信息保障。主要职能包括：协助举行组织的各种会议；参与制定组织的文件草案；协助落实组织通过的各项决议和文件；保管组织的文件、资料；收集、整理和传播组织活动的信息；编制和执行组织常设机构的预算；代表组织同其他国际组织和国家开展交往。
秘书处编制30人。秘书长由成员国按国名俄文字母顺序轮流担任，任期3年。现任秘书长为张德广(中国籍)。
上海合作组织地区反恐怖机构设在乌兹别克斯坦首都塔什干，是上海合作组织成员国在打击"三股势力"等领域开展安全合作的常设机构。
2001年6月，《上海合作组织成立宣言》规定在比什凯克设立地区反恐怖机构。2002年6月圣彼得堡峰会签署《上海合作组织成员国关于地区反恐怖机构的协定》。2003年莫斯科峰会决定地区反恐怖机构所在地由比什凯克改到塔什干。2004年1月地区反恐怖机构正式启动。
地区反恐怖机构的主要职能是：准备有关打击恐怖主义、分裂主义和极端主义的建议和意见；协助成员国打击"三股势力"；收集、分析并向成员国提供有关"三股势力"的信息；建立关于"三股势力"组织、成员、活动等信息的资料库；协助准备和举行反恐演习；协助对"三股势力"活动进行侦查并对相关嫌疑人员采取措施；参与准备与打击"三股势力"有关的法律文件；协助培训反恐专家及相关人员；开展反恐学术交流；与其他国际组织开展反恐合作。
地区反恐怖机构下设理事会和执行委员会。理事会是地区反恐怖机构的协商决策机关，由成员国反恐主管部门负责人或代表组成。执行委员会是常设执行机关，编制30人。最高行政官员为执委会主任，任期3年。现任执委会主任为卡西莫夫(乌兹别克斯坦籍)。
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