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上海合作组织的合作目前已涉及政治、安全、经济、人文等领域，成绩显著。
(一)政治合作
加强和深化成员国的政治合作，是上海合作组织的一项主要任务。迄今所做主要工作和成就是：
解决边界问题，巩固成员国政治互信和睦邻友好。《关于在边境地区加强军事领域信任的协定》和《关于在边境地区相互裁减军事力量的协定》的签署，使中国同俄罗斯和中亚国家长达7000多公里的边界彻底消除了冷战遗迹。此后，中国与俄和中亚国家相继彻底解决了历史遗留的边界问题。各方确认，不允许利用本国领土从事损害任何一方主权、安全和社会秩序的活动。
在成员国关切的问题上以上海合作组织名义表示支持。在重大地区和热点问题上加强协调与合作，对外以一个声音说话。成员国多次阐述对阿富汗、巴以、伊拉克、朝鲜核问题等问题的共同立场。在联合国安理会改革问题上，阿斯塔纳峰会宣言强调改革应遵循最广泛协商一致的原则，不应为改革设立时限和强行表决尚有重大分歧的方案。
2004年6月，塔什干峰会通过《上海合作组织成员国外交部协作议定书》，规定成员国外交部就重大国际和地区问题开展各种形式的磋商和协调。
此外，成员国多次对外阐述对世界多极化、国际关系民主化、经济全球化、多边主义、文明多样性、人权等问题的共同看法，努力推动建立国际政治经济新秩序。
(二)安全合作
安全合作是上海合作组织的重点合作领域，核心是打击恐怖主义、分裂主义和极端主义"三股势力"。2001年6月15日，上海合作组织成立当天，成员国即签署《打击恐怖主义、分裂主义和极端主义上海公约》，在国际上首次对恐怖主义、分裂主义和极端主义"三股势力"作了明确定义，并提出成员国合作打击的具体方向、方式及原则。这发生在"9·11"事件之前，体现了成员国打击恐怖主义的远见卓识。上海合作组织由此成为最早打出反恐旗帜的国际组织之一。
2004年，成员国相继建立地区反恐怖机构和安全会议秘书会议机制，加之2002年建立的总检察长会议机制，为开展安全合作奠定了坚实的机制基础。
为震慑恐怖分子，2002年10月，中吉两国率先在上海合作组织框架内举行了双边联合反恐军演。这也是中国历史上首次与外方举行联合军演。2003年8月，成员国(除乌外)在中国和哈境内举行了上海合作组织首次多边联合反恐军演。2006年3月初在乌、吉、塔境内举行上海合作组织执法安全部门联合反恐演习，乌、吉、塔参加，中、俄、哈观摩。
鉴于本地区贩毒势力与"三股势力"相互勾结、为其提供资金支持的现状，成员国将禁毒作为一项重要合作内容。2004年塔什干峰会签署《关于合作打击非法贩运麻醉药品、精神药物及其前体的协议》。目前，成员国正在积极落实该协议。
上海合作组织还在反恐领域开展对外合作，派代表参加了联合国反恐委员会组织的活动。上海合作组织与东盟和独联体签署的合作文件中，均规定要在反恐领域开展合作。
(三)经济合作
经济合作是上海合作组织的另一重点合作领域。2001年9月阿拉木图总理会议通过《上海合作组织成员国政府间关于区域经济合作的基本目标和方向及启动贸易和投资便利化进程的备忘录》。2003年9月北京总理会议通过《上海合作组织成员国多边经贸合作纲要》，规定了区域经贸合作的目标、重点领域和步骤以及实施机制。《纲要》规定要推进贸易和投资便利化和开展经济技术合作，争取至2020年实现商品、服务、资金和技术自由流动。2004年9月比什凯克总理会议通过《＜上海合作组织成员国多边经贸合作纲要＞措施计划》，提出了127个项目，涵盖贸易投资、海关、金融、税收、交通、能源、农业、科技、电信、环保、卫生、教育等领域。
目前，成员国建立了海关、质检、电子商务、过境运输、投资促进5个旨在推进贸易和投资便利化的专业工作组，并正在酝酿成立能源、通信工作组。开通了区域经济合作网站。建立了上海合作组织实业家委员会和银行联合体。正在商谈公路运输便利化协定。
为推动多边经济合作，2004年塔什干峰会上，胡锦涛主席宣布向其他成员国提供9亿美元优惠出口买方信贷。
(四)人文等领域合作
上海合作组织在文化、教育、环保、紧急救灾等领域合作进展顺利，取得积极成果。
上海合作组织已举行两次文化部长会议，通过2005年至2006年多边文化合作计划。2005年阿斯塔纳峰会期间，举行了成员国首届文化艺术节，今年将在上海峰会期间举行第二届文化艺术节。
预计今年5月，将在北京举行首次教育部长会议。成员国政府间教育合作协定已基本商定。关于相互承认学位、学历的协定正在商谈中。
去年阿斯塔纳峰会上，胡锦涛主席宣布3年内为其他成员国培训1500名不同领域的管理和专业人才。中方已开始落实该计划，范围包括行政管理、经济发展、外交安全、专业技术、汉语学习等领域，包括短期培训和长期的学历学位教育。2005年已培训166人。
2005年9月，成员国首次环保专家会议在莫斯科举行，启动环保合作。
2002年4月，紧急救灾部门领导人举行首次会议。2005年10月总理会议期间，各国紧急救灾部门领导人签署《上海合作组织成员国政府间紧急救灾互助协定》。
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