第一，由无人参与到有人参与。由神八不载人到神九载3名航天员的全乘员组飞行，是最大的不同。

　　第二，组合体飞行方案不同。神九组合体停靠时间由神八的14天变为10天，目的是验证组合体最长飞行支持能力(3人10天)。

　　第三，交会对接进入方向不同。神八两次对接全部采用从后向进入对接，也就是说飞船在后，向前追赶天宫一号，与天宫一号对接。神九将进行前向对接，也就是说，飞船在前，由天宫一号追赶神九进行对接。

　　第四，交会对接方法不同。神八与天宫一号交会对接采用的是在飞船上的交会对接设备的引导下自动交会对接，而神九与天宫一号交会对接在进行自动交会对接的同时，还将采用人工手动控制方法进行。

　　第五，交会对接环境不同。神八交会对接任务设计上采用的是在阳照区开始自动交会对接，待对接完成的时候，已经处在阴影区，而神九载人交会对接则在全阳照区间进行。

　　第六，由自成一体到联成一体。神八与天宫一号交会对接只是完成了两个飞行器的刚性连接，连接两个航天器的舱门并没有打开。神九的航天员将打开两个航天器的舱门首次实现与天宫一号的空间连通。

　　第七，飞船内搭载设备不同。在神八飞行任务中已完成了在轨力学环境参数的测量，因此在神九上，取消了相应传感器和设备；还取消了神八专用于图像记录和下传的辅助CCD光学成像敏感器相机存储单元；返回舱配备了乘坐3人的座椅。

　　第八，紧急故障情况下处置预案不同。神八针对交会对接任务，制定了200多项故障预案。在神九研制期间，研制团队设计了300多种故障模式与对策。

　　第九，控制方案进行了局部改进和优化。神舟九号载人飞船制导导航控制系统在总结神舟八号交会对接经验的同时，针对神九的任务，对自动交会对接与撤离、人工手动控制交会对接与撤离、返回控制等进行了局部改进和优化，并进行了大量的试验验证。

　　第十，返回方案变化。与神八相比，神九返回的控制方案中，对打开回收主开关关键指令相应增加了手动控制指令作为备份，返回的可靠性和安全性大为提高。

　　据新华社电