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《建议》指出，把增强自主创新能力作为科学技术发展的战略基点和调整产业结构、转变增长方式的中心环节。这是从我国经济社会发展的全局出发作出的重要判断，是对未来五年乃至今后较长时间我国科技发展和产业结构优化升级作出的根本性战略部署。
改革开放以来，我国科技发展水平和产业结构的技术构成发生了重大变化，劳动力素质也有了相当提高。但总的来看，面对日新月异的科学技术变革，面对日益强化的资源环境约束，面对以创新和技术升级为主要特征的激烈国际竞争，我国自主创新能力薄弱的问题已经日益成为发展的瓶颈制约。加快提高自主创新能力，是“十一五”时期引导我国经济发展的重要任务，这是加快转变经济增长方式的迫切需要，是推动产业结构优化升级的迫切需要，是增强我国综合国力和竞争力的迫切需要，也是在激烈的国际竞争中从根本上保障国家经济安全的迫切需要。
“十一五”时期提高自主创新能力的客观条件已经具备，主要体现在：一是国外技术储备急于获得新市场，这为我们发挥后发优势，进行必要的技术引进和主动选择创造了条件，使我国的自主创新有可能站在较高的起点上，并支付较低的成本；二是国内人才和科技储备已有相当基础，企业的研发能力有了明显增强，这得益于我国改革开放政策的实施；三是巨大的内需市场将提供创新的广阔空间；四是我国公共财政实力大大增强；五是激励创新的体制和机制逐步建立，对产权和知识产权保护的力度加大，按要素参与分配已成为重要的分配原则，国家在税收、折旧、财政和投资等方面支持自主创新的政策体系正在形成。
提高自主创新能力，必须坚持正确的方向和路径。要大力提高原始创新能力，形成创新的重要基础和科技竞争力的主要源泉。要大力加强集成创新能力，形成单项相关技术的集成创新优势，努力实现关键领域的整体突破。要加快引进消化吸收再创新，充分利用全球科技存量，形成后发优势加快发展。为了提高自主创新能力，必须确立企业在自主创新中的作用，加快建设产学研相结合的技术创新体系，努力实现新技术的产业化。要发挥政府的战略导向、综合协调和服务功能，创造更好的创新环境。强有力的创新激励体系是增强自主创新能力的根本性制度保障，要深化科技体制改革，加快建立以保护知识产权为核心的激励体制框架，建立和完善创业风险投资，增强税收制度对创新的激励作用，努力吸引集聚高层次创新领军人才，为提高自主创新能力提供强大的动力来源。
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