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“行政管理体制尤其是财税体制上还存在一些深层次的问题亟待解决。”——李金华在作审计报告时如是说。
审计署相关负责人表示，从近年来的审计情况看，查出的很多问题实质是体制机制上的问题。
如报告反映的“财政部、税务总局批准6户金融保险企业，用工效挂钩办法核定的职工工资作为企业所得税纳税扣除额，致使这些企业纳税工资扣除额大大高于未实行这种办法的企业，减少了企业所得税”的问题，并不属于违反税法等法律的规定，但这一做法，客观上“有悖公平税负原则，也不利于发挥税收调节行业收入分配的作用”，是属于合法不合理的问题。
报告反映的转移支付资金使用中，“有些地区根据当地情况对已批准的项目作了部分调整，虽不符合有关规定，但符合实际需要”。这是属于合理不合法的问题。
据不完全统计，2005年中央财政补助5省(区)的190项专项转移支付中，有53项存在内容交叉重复的问题，涉及资金56.66亿元；按项目分配的有92项，涉及资金299.22亿元，具体分配到30818个项目单位。其中10万元以下的项目9415个，平均每个项目仅3.4万元。
“这里涉及到中央和地方的财税划分的问题，10万元以下的项目这么多，地方的项目占大多数，但是审批集中在中央。形成了‘办事的是地方，掏钱的是中央’。”审计署审计科研所一位研究员表示，中央决策的过程中，存在信息不对称，而且政府层级越多，信息不对称就会放大，所以决策和客观事实、现实需要存在偏差，造成了被动挪用等状况发生。
审计暴露出的财税体制问题还有一系列的财政权限的决策上划分和制约不清楚。
该研究员表示，其中最典型的就是财政部国债发行业务经费问题，自己收取自己用。和自己的利益相关，但是不受任何制约。
“国债发行业务经费没有任何规定，是体制上的空白，还有随意追加投资问题，一些有规定的不遵守可以变成事实，还是说明制度是有缺陷的，缺乏有效的制衡。”他建议对建议有预算决策权的部门，应当设立相应的部门通过法律授权来审核监管这些部门自己的预算。
上述审计署负责人表示，报告反映的中央部门所属单位审计调查情况，很多问题是由于“行政管理体制改革尚未完全到位，行政职能界定不清，对部门行使权力的监督不到位”造成的，很多问题是由于“部门所属单位的管理体制和运行机制没有完全理顺”、“政府机构改革过程中，所属单位成为消化部门分流人员的重要途径”而引发的。
该研究员表示，审计暴露出关于行政体制的问题包括：政府和所属单位的关系，没有真正厘清，很多“父子关系”，界限没有划分；政府职能和所属单位的职能也不清楚，一部分政府职能由下属单位行使，要弄清政府的边界在哪里。
“这些是事业单位改革当中需要面对的问题。”上述审计科研所的研究员说。
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