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在笔者看来，当前有四个问题尤其值得关注:
第一，如何按照“决策、执行、监督”相互协调、相互监督制约的改革思路，重构政府权力结构和政府的运行机制，为监督大部制的权力，提供保障。在我看来，大部制可以有两种模式，一是在部与部之间，让有些部门专门行使决策权，有些部门专门行使执行权，有些部门专门行使监督权。二是在一个大部制内部，机构的功能要进行分化，有些机构专门行使决策权，有些机构专门行使执行权，有些机构专门行使监督权。这实际类似如国外政府机构实行决策权和执行权的相分离，执行机构内部可以引入市场机制，实行弹性管理。比如《政府采购法》颁布实施后，财政部是政府采购政策制定机构，但不是执行机构。执行权交给设在国务院办公厅下、由国务院机关事务管理局代管的国务院政府采购中心。这样就把决策和执行分开了。
当然，对大部制的约束监督，更值得我们关注的还是如何从外部对其进行监督。实践证明，对公权力的制约，最有效的还是外部的监督，特别是人大、司法、公众、媒体等方面的作用，将会形成大部制改革的外部监督力量。
第二，大部制能不能有效遏制部门利益，也成为最关键的问题之一。大部制机构设置有可能把部门职能交叉、政出多门、相互扯皮问题，通过改变组织形态来加以抑制。过去部门之间职能交叉，决策周期长，制定成本高，协调沟通困难，原因就在于受到了部门利益的严重影响，所谓“权力部门化，部门利益化，利益集团化”，导致政府运行成本太高、效率太低，甚至把部门利益凌驾于公众利益之上。有人担心，大部制改革可能把分散的部门利益，积聚为集中的部门利益。如果一个部门变为一个超级部，权力很大，对它进行监督恐怕更加困难。比如有人说，目前的发改委就是把若干政府部门整合到一起的“大部”，据观察，很多地方官员现在不跑国务院，只跑发改委，要钱、要物、要政策，使得发改委成了“小国务院”。大部制改革会继续走发改委模式吗？笔者认为，发改委模式不能简单等同于大部制，两者是有差别的。发改委主要是国务院的综合协调部门，几乎和每个专业部门都有关系，劳动和社会保障部、卫生部、教育部等，所有这些部门都和发改委的某个处、司相对应。实际上，在我们这样的管理模式下，发改委究竟应该以什么样的方式存在，如何发挥综合协调职能是需要认真研究和解决的，也可以进行广泛的讨论。从这个意义上说，目前我国发改委的运作模式不是大部制的模式，倒是要对这种管理运行模式，进行认真研究和反思，进行相应的改革。举一个例子，2003年政府机构改革中，我们把专门负责经济体制改革的部门合并到了发改委，现在看来，这样把整个体制改革方案设计的部门放在一个机构内，不一定合适，这个部门应该是超越部门利益的，如果放在一个政府部门内，很容易受到部门利益的影响，甚至会影响到改革政策的公正和公平。
第三，大部制改革可能会牵动政治体制改革，没有政治体制改革推进，真正的大部制也许很难确立。从更深层次来看，大部制改革的思路和方向，最终必然会涉及和涵盖到党政、人大等系统，因此是跨党政的，甚至要考虑党的权力和政府权力的对接，这个问题非常关键。比如文化部、广电总局与中宣部的关系，公安部、安全部、司法部与政法委的关系，中组部与人事部的关系等。过去这些年来，我们把中纪委与检察部合署办公，联动作战，成效显著，如何进一步整合党政部门，也许是下一步大部制改革中应该思考的问题。从这个意义上说，应该把行政体制改革方案纳入到政治体制改革方案中，从国家权力结构上进行调整，也许更具有长远性。
第四，大部制改革的策略和方法也至关重要。应该看到，大部制改革的最大阻力，仍然是多年来被强化了的部门利益。比如在今年两会期间，有的人大代表建议将卫生部、国家计划生育委员会、国家食品药品管理局、国务院中医药管理局整合为一个“人口与健康委员会”，但真的要这样整合恐怕难度还是很大的。不管这个动议能否被采纳，但这明显是一种大部制的思维。另外，“大部”内部的决策、执行、监督机构如何设置，权力如何划分？我们过去毕竟没有这方面经验，所以改革的策略和方法就显得很重要。
在我看来，中国的大部制改革很难一步到位，而应该是一个循序渐进的过程。首先应该选择那些职能交叉突出、涉及公众、服务对象广泛，外部呼声比较大的部门开始，然后逐步扩大，而且一定要把结构调整和功能的定位进行有机的结合。建议中编办在设计机构改革方案时，要建立一个直属于中央编制委员会的高层专家委员会，借助专家力量，加上民众的讨论，使整合性的大部制方案经过充分论证，这样可以最大限度减少领导者个人喜好的因素，也能够坚持科学性，立足长远，用智慧和制度规范大部制的改革。
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