陈水扁邀马英九在就任前参加台湾“2008玉山政军兵棋推演”，遭到马英九以“行程紧凑”为由婉拒出席。陈水扁办公室人士称，感到“可惜”，但兵推仍会照常运作。
据台湾东森新闻报道，台当局“总统府”人士表示，经4月1日陈水扁与马英九会晤、4月3日台当局“总统府秘书长”陈唐山与马萧阵营权力交接小组召集人詹春柏会晤后，已经启动“政权”移交相关工作，凡属防务、两岸、外事等事务，涉及机密部分，将以马、萧需求为主，只要他们有需求，“府”方会提供必要的协助。
据悉，台当局今年的兵推预定以4月24日作为发动日，在陈水扁下达紧急指示后，隔天25日，所有相关人员完成进驻准备作业。陈水扁并且与台当局其它相关“部会”负责人在特定时间进入大直圆山指挥所；按照规划，吕秀莲则赶赴其它战备指挥所，透过视讯进行兵推。
