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三峡库区最后一个移民淹没县——重庆开县15日成功实施了清库爆破，三峡移民迁建主体工程大部分完成。在移民迁建的同时，国家累计投入了数百亿元进行库区的水污染防治、地质灾害治理、生物多样性保护等生态工程，力求把环境代价降到最低，实现库区山青水秀。
三峡工程实施以来，为了保护库区的“一库清水”，开展了大规模的库底清理工作。截至目前，仅重庆库区175米水位以下就已清理了建筑物2943万平方米，受淹果林地13.24万亩，垃圾堆170余处、近300万吨，厕所30.36万平方米，医院及兽医站1967个，坟墓4万多座，屠宰场1500余个，有毒物质场地703处。鉴于水上航行的船舶对库区水域造成的污染，长江海事部门已从今年8月开始，对在库区航行的船舶排污口实行铅封管理，以实现船舶油污水零排放。
为改善三峡水库周边生态环境，三峡库区于2004年启动了大规模绿化带建设工程。其中重庆市已于2006年底完成造林70.1万亩。根据新修编的《重庆市城乡总体规划》，重庆市将在2020年前重点建设库区生态功能保护区，加快库区周边绿化带建设，大力推进库区天然林保护和退耕还林。
作为我国生物资源最丰富的地区之一，在三峡工程建设的同时，大规模的生物资源调查和抢救工作也在紧张地展开。今年9月，中国科学院植物研究所在重庆启动了三峡地区最大规模的植物调查工作，范围涉及25个区县，预计在3年内采集植物标本28000份，将为制订三峡植物“保护表”提供详细的参考。
重庆市市长王鸿举日前表示，三峡库区的生态环境没有变坏，三峡库区长江干流水质总体稳定，以优于三类水质为主，近年来重庆空气质量持续好转。同时据每年公布的三峡工程生态环境监测报告，水库诱发地震维持低强度水平，无碍大坝安全。
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