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当前，适应经济社会发展的新要求，深化政府机构改革，要重点解决政府职能配置与机构设置中存在的如下六大问题：
第一，针对政府职能缺位、不到位的问题，强化社会管理、公共服务及涉外管理部门，在投入与编制方面予以倾斜。相对于宏观经济管理、市场监管部门，我国的社会管理和公共服务部门在机构设置、职能配置和人员编制上都比较薄弱，出现了“缺位”或“不到位”的现象。例如，在职工权益保护和劳动监察工作方面，目前劳动与社会保障部仅有1个处的4名工作人员负责，而面对的却是全国2700万个用人单位和3亿多劳动者。因此，要重点强化人民群众最关心的就业、社会保障、扶贫、教育、医疗、环保和安全等职能，对这些相关职能部门，在投入和编制方面予以倾斜。在涉外管理方面，要适当增加驻外部门及派驻机构的编制和财政投入，为各领域开展对外合作与交流提供有力保障。
第二，针对政府职能越位、错位的问题，对一些越位、错位行使职能的政府部门实行“瘦身”。一些政府部门仍然在管许多不该管、管不了也管不好的事，政府直接干预微观经济活动的现象依然存在，行政许可和审批事项仍然过多，弱化了市场的调节功能。有的综合管理部门既管宏观、又管微观，且对微观管理兴趣浓厚，热衷于批钱批项目。针对这种情况，需要对一些越位、错位行使职能的政府机构或相应内设机构予以撤销或弱化。坚持发挥市场配置资源的基础性作用，凡是公民、法人和其他组织能够自主解决的事项，凡是市场机制能够自行调节的事项，凡是行业组织通过自律能够解决的事项，除法律有规定的外，行政机关不应干预。政府要逐步退出微观经济领域，将更多事项交由市场调整。如行业标准的制定、市场信息统计、举办展会、职业培训、培育大型零售企业与大型批发市场等事务，不应再作为政府部门的职能。宏观调控部门要重点搞好宏观规划、政策制定及监督管理，切实减少微观管理和具体的审批事项，实现从“项目管理”向“规划管理”、从直接管理向间接管理的转变。
第三，针对一些政府职能在相关机构间配置不合理的问题，按照决策、执行、监督适度分离又相互协调的要求进行改革，构建政府组织机构的总体框架。目前，我国一些政府职能在机构间的配置不够科学，特别是决策、执行、监督功能在部门内或部门间配置不科学。一些部门集决策和执行于一身，监督流于形式，如个别部门既管宏观规划又管具体项目审批等等。随着社会主义市场经济体制的逐步完善，政府机构决策与执行不分问题越来越突出。解决这个问题，就要建立决策、执行与监督相互协调又适度分离的行政运行机制，将公共服务、行政执法等方面的执行职能分离出来，设立专门的执行机构，作为部委管理的国家局或国务院直属机构，避免有些部门集决策、执行、监督于一身的弊端，形成由决策部门、执行部门、监督部门三大类部门组成的政府组织机构总体框架。
第四，针对政府机构设置不合理、职能交叉普遍的问题，在逐步推进政府机构综合设置的基础上，稳步推行“大部制”。由于我国政府机构设置过多过细，管理对象与管理事务重叠，机构重叠、职能交叉、协调困难的情况十分普遍，多头管理、政出多门现象十分突出。如农业产前、产中、产后管理涉及14个部委(局)；在人力资源管理方面，劳动保障、人事、教育部门职能交叉；在城市供水、地下水管理方面，水利、建设、国土资源等部门职能交叉；在信息产业管理方面，信息产业部、国信办、广电总局等部门(单位)职能交叉；等等。深化政府机构改革，要按照全面、精干、统一、效能的原则，改变目前适应计划经济体制的“小部制”体制。整合，归并相关、相同或相近的职能，综合设置政府机构，实行市场经济条件下的“大部制”，使政府部门逐步向“宽职能、少机构”的方向发展，逐步向大农业、大交通、大文化、大科技的管理方式过渡，以切实减少部门职责交叉事项，变部门之间“扯皮”为部门内部协同。目前，市场经济发达国家政府机构设置的惯例是实行“大部制”，中央政府机构普遍在14―20个左右。考虑到机构改革与人员安排的复杂性，我国可逐步推进“大部制”。
第五，针对一些专门领域的管理体制不科学、相关职能在不同政府机构间的职能配置不尽合理的问题，参考国外经验，重点研究完善一些专门领域的管理体制和机构设置。如食品药品监管体制，食品加工、流通和消费按环节由不同部门负责监管，不仅造成部门职责交叉，而且提高了监管成本，降低了监管效能，直接影响到人民群众的生命财产安全。又如我国环境保护管理体制，环保管理“部门分散、地方分割、条块分离”现象严重，难以保证严格执法，难以有效克服地方保护主义。深化政府机构改革，要从经济社会发展的实际需要出发，在一些专门领域采取科学的管理体制和机构设置形式，如建立独立的电信监管体制、高层次的海洋政策指导和工作协调机构、将目前对药品监管实行的省以下垂直管理改为完全垂直管理的体制，等等。
第六，针对一些职能需从政府转移出去，又无相应承接主体的问题，全面推行事业单位分类改革，规范和发展行业协会、商会等社会组织，为政府职能转变和机构改革提供良好的社会环境。政府机构改革、职能转变是一个系统工程，由于我国事业单位改革跟不上，社会中介组织发育不成熟，很多政府该转移的职能无法转移出去。例如，在劳动关系方面，缺少劳动争议仲裁的事业单位作为劳动和社会保障部门的依托；在医疗保障和工伤保险方面，一些技术性标准的制定和执行完全可以由社会中介组织来承担，但具备资质的社会中介组织无法满足实际的需要。推进政府机构改革，要遵循有利于调动和发挥政府、行业协会、企业三者积极性的原则，不能只考虑政府“一个积极性”。要坚持配套改革，理顺政府与事业单位、社会中介组织的关系；加快培育社会中介组织，将大量技术性、经办性职能交由事业单位和社会组织承担。(李军鹏)
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